好意を持たれるとなぜ不快なのだろう

もし、その社長に限らず「誰からでも女性同士でも褒められるととにかく不快に感じてしまう」という悩みをお持ちなら、それはトピ主さんの自己肯定感の低さなどが原因ですから、カウンセリング系の本など読んで自分の生い立ちや心を整理するのをお勧めします。

でもね。

女性が「性的関係の対象外」と思っている男性から下心を持って接されたら、不快に感じるのは当然です。

トピ主さんの本能の部分が「この男は危険」と判断しガンガンに警告を発しているのに、トピ主さんの理性が「社長だし、既婚だし、まさかね。気に入られておいた方が仕事もしやすいし」等々理屈をつけて、本能の警告を無視しようとしている。
だから、気分が悪くなるのです。

二人で食事など、ましてやお酒を飲むなど、おやめなさい。

皆様、本当にありがとうございます。
当然では、と言って頂けると嬉しいです。

＞＞あいり様
ありがとうございます。
不倫というより単純に好いて貰ってるんだろうという理解なのですが、、、
一方で心の中では嫌悪感が募ってます。

＞＞おっさん様
関係を持ちたいから、でおきまりなのですね、ショックです。
こちらとしては、男女の前に、同じ会社の同僚であり人間です。
性別で線引して飲みに行かないというのは、むしろこちらが男性差別している気分です。

＞＞ひるあんどん様
やっぱり？そうかもしれません。

＞＞szk様
「恋愛対象で無い人と二人きりで食事に行くことはやめることにしました」
言いたい。言おうかな。言ってやりたいです。
事務的にかえしていきたいと思います。

＞＞くいぶる様
潜在意識に気が付き、辞めたくなってます笑
嫌だといいます！！
だって、、、正直話したくも無いんですもの
（話が物凄く長いから。しかも時々、会話の出だしが「おもしろい話があって」なんです）

＞＞ちび様
そう、「女性」が入るとめっちゃ気持ち悪くなりますよね！！
ありがとうございます、使わせて頂きたく思います。

＞＞紫蘭様
色々な理性が邪魔して漠然としか感知していませんでした。
質問してみれば当然の事だったのかもしれません。

＞＞ダーティマリー様
そのたとえ、面白いですね！銃口向けられてたら落ち着かないわ、と自分でも納得です。

＞＞頭の良い女様
気持ち悪くて当然と言っていただいてありがとうございます。
妊娠してなくてももし彼とそんな事になったら人として再起不能になりそうです。
＞「人として好き」とは笑わせる。
はい、自己欺瞞的すぎて吐きそうです。