他店の方が安いとか、知り合いがやっているとかならともかく
「在庫が限られているから他店で買う」というのがよく分かりません。

注文して待てば購入できるのなら、メンテナンスや消耗品のことを考えて
教室で購入された方がよいと思います。

例えば、琴なんかは、メンテナンスもあるし、先生と納品業者の付き合いもあります。
なので最初は先生経由で購入するのが無難です。
そのあたりは大丈夫ですか？

補足を読んで、ますますわかりません。

そのお店で扱っていない楽器、限られた場所でしか購入できない楽器なのに、そのお店以外で購入することに何の問題があるのでしょうか？
というか、そうするしかないのでは？

それとも、そのお店でも注文してもらえるということですか？

その教室では取り寄せすら不可能なのでしょうか？
月謝を払うとはいえお世話になるところが販売もされているなら、そこで購入した方が良いと思います。

もちろん自由競争だから、建前はどこでも好きなところで買えば良い、です。

でもなんだか不義理をしているようで気持ちが悪くないですか？

これから受講されるなら初心者でしょうか。
他の生徒さんがその教室で買える楽器で十分練習できるのに、他店に遠征しないと買えないようなものを希望する理由がわかりませんでした。

過去に私がある楽器を始めた時は、やはり教室のお店で練習用モデルを購入しました。といっても安くはありませんでしたが。

でも、それなりのクラスの楽器は上達してからでないと使いこなせないので、初めから高価なモデルを選ぶのは合理的でないと聞きました。

トピ主さんが初心者でなかったらごめんなさい。

何の楽器か分かりませんが、楽器もそれぞれメーカーが同じでも、弾きにくい、弾きやすいがあったりします。色々見て試奏させてもらったりして、目の合った子を購入するべきだと思います。値段は高い買い物ですし、メンテも必要になっていきます。「この楽器とつきあいたい！」ぐらいの気持ちがないと、後悔します。

良い相性の楽器と縁があるとよいですね。

3種類楽器習っていて、楽器も販売している教室でしたが、
ほぼ教室で買ったことないです！

最初の一本は、先生からアドバイスもらって決めましたが、それも教室で売ってましたけど買ったのは別の場所でした。
他のと試奏して比べたかったので！

メーカーの販売会に出向いたり、
大型店舗で試奏をたくさんしてから決めることをお勧めします！

珍しい楽器だとすれば、取り扱っている店も限られ、台数も多くはないでしょう。

たとえば、グランドピアノなども何台か用意してもらって、試しに弾いてみて気に入ったものを選ぶということを聞いたことがあります。

どこのお店に行ったとしてもそういうことができずに、一台をお取り寄せということになるのであればどこで買っても同じのような気がします。

私なら先に楽器を買ってしまって、「楽器は既に持っている（けど初心者）」という事にするかなあ・・・
場合によっては、新品を知人から譲ってもらったとか適当に理由も作ります。
しかしその楽器はその楽器店では扱っていないんですよね。
頼んで取り寄せてもらうという事ですか？
昔新しい楽器ケースを買った時に、教室があった小さな楽器店にはその欲しいケースが無かったので、他の楽器店で買って持って行ったら「うちで買ってくれればよかったのに」と言われた事があります（店長さんとは仲良くしていたので）。
店頭に無くても頼めば仕入れてくれて、少し割り引いて売ってくれたらしいです。
当時は若くてそのような考えに至らなくて不義理をしてしまいました。
楽器ケースは同じ品番なら品質も同じですが、楽器の場合はそれぞれですからね・・・
ネット販売が多くなって楽器関係の消耗品も安くなり儲からないらしいので、できる限りは小さなお店にも貢献したいとは思っていますが。