ご主人はトピ主さんのご両親があまり好きではなかったのでしょうか。

表札は外して、捨てずに持っていてはどうですか。
亡くなった方のお名前を表に出しっぱなしにしておくのも、なんだかな…とも思うのです。

ご主人は毎日家にいるのですか？50代ならお仕事もあると思いますが、在宅勤務か何かでしょうか。
お姉さまの訪問はご主人のいない時間に、お線香はやめて手を合わせるだけにしてもらってもいいのでは。

トピ主さんのご実家だけれど、今はご主人も一緒に住んでいる「夫婦の家」でもあります。
もしこれが男女逆で、ご主人が相続した実家にトピ主さんが一緒に住んでいて、ご主人のご兄弟が毎日お線香あげにやってくる…となったら、「どうして毎日来るの？」と思いませんか。

＞私は両親が苦労してたてた家だから父の表札は外したくないと思いますが、
＞おかしいでしょうか？
おかしいです、一般的に表札は住んでいる方を表示します、持ち主（建て主）ではありません。

＞おかしい、鍵（実家だったので姉も鍵を持っています）を返してもらえ、と言います。
姉の家ではありません。姉は客です。
まあ、鍵と所有者はべつですけどね。

＞姉が毎日のように１階にお線香をあげに来ます。
話をして、トピ主さんがいるときだけ来てもらうようにすれば。

鍵は返してもらう
表札は変える
夫の言い分は当然だと思いますね。
普通ならタイミング見てリフォームすると思います。

その別世帯住宅をトピ主はどうするつもりなんですか。
いつまでもそのまま線香部屋にしたいのでしょうか。
リフォームや賃貸に出す気が無いのなら処分して引っ越せば？

どうやら主さんの理論は私が相続して私の家なんだから表札も私の自由にさせろ

と言いたいのでしょうが郵便屋さんや宅配業者さんにも混乱をきたしますし、しかも7年も経過しています。

むしろよく旦那さんは今まであなた達姉妹の自己中に耐えてきたと思います。

主さんも正論とわかっているのであれば今までのことをきちんと謝って表札を変えましょう！

「自分の家」に他の人の表札がかかり、他人が出入りしているのが気に入らないということですね。
そこは「あなたの家」であってご主人の家ではないのに(笑)
独身時代に建てた家で残りは相続で受け取ったんですよね?ご主人、家の所有に関しては赤の他人。あなたが1階をどうしようと本来なら勝手なんですけどね。完全に別世帯ということはマンションで2部屋持っていて、1部屋は夫婦で住んでいるからご主人が「自分の家」というのは理解できます。でも、相続でもう1部屋を手に入れたらそこも自分のものだとご主人が主張していると考えたらおかしな話ですよね。
あなたが誰に貸そうが誰を出入りさせようか勝手です。
遠方ならどうでも良かったけど、自分の家の1階(しかもセットで考えてる)だから気になるんでしょうけどね。
気に入らないならリフォームして1つの家にしちゃえば良いのに。

ただ、表札は外した方が良いですよ。ご近所の方は亡くなって無人なのは知っているので放置しているようであまり良い印象ではないです。

私もトピ主さんと同じく実家の2世帯住宅を相続しました。ただ、違うのは私は一度もそこに住んでいないということです。今は２階を賃貸に出して、１階（母居住スパースだった）はそのままで、仏壇もあるので週に一度くらいお線香を上げに行っています。門柱に埋め込んである表札はそのままです。外しにくいこともあります。

全くの別世帯の作りのようなので、１階のことがそんなに気になるご主人に少し違和感があります。
何か別の気になることがあるのではないでしょうか。
相続の時はどうだったのでしょう？トピ主さんが家を相続してお姉さんはすべて放棄したのでしょうか？
もしも家を相続する代わりにお姉さんが現金全て相続した、とかならば、家の権利（姉が実家扱いすることが面白くない）を主張する気持ちもわからないではありません。
その相続自体が面白くなかったのかもしれません。きっと亡くなったご両親の世話などはトピ主さん（つまりは御主人にも多少は）お任せだったはずですし。
または、1階部分の利用を考えているからかもしれません。自分の書斎スペースにしたいとか、友人を呼んで趣味に没頭したいなど。そうすると頻繁に訪れる姉の存在が邪魔ですよね。

私は実家を相続した兄も母に続いて亡くし、他の相続人（甥姪）にほんの気持ちばかりのハンコ代を払って実家を相続しました。今でも実家だと思っており、親戚がいつ来てもいいようにしてあります。どちらかというと実家を残すために私一人が相続したためです。（正規に分けると売るしかない）
ただし、維持費がかかりますので、2階は貸し出すことにしました。これで夫にも納得してもらっています。

何か別の思惑がご主人に不満を言わせている気がしています。

ご主人が相続して、父親の表札があって、義姉が毎日来たら
笑っていらっしゃいと言えますか？
ご主人が、
俺の家だ、俺の自由にすると言ったら許せますか？
ご主人の気持ちを考えたことありますか？
お姉さんも、もっと遠慮すべきですよ。
勝手に来るんですか？
ありえないですよ。
あなたも、義姉が毎日きたらいやでしょう…
あなたもケジメをつけないとね
ご主人とあなたの家族のどっちが大事ですか？
あなたの家族はご主人ですよ。