人の少ない職場で、そこまで「一人一人に今までの感謝の意を込めたい」というなら、一人一人に箱入りのお菓子を小さめでも差し上げたらいかがですか？
さすがに一個100円か200円のお菓子で「長年の感謝の意を受け取ってほしい」はちょっと表現が大袈裟すぎませんかね。
普通に「皆さん今までありがとうございました」っていう挨拶なら菓子折り一つでいいですよ。
挨拶なんですから、相手に「自分の気持ちを重く受け止めてほしい」なんて、求めすぎですよ。

ごめんなさい、何を悩んでいるのかわかりませんでした。
もう、辞める会社ですよね？
辞めた後の印象まで気にしているんですか？
辞め方なんて十人十色です。
AさんとBさんはたまたま仲良くなかっただけで主さんは八つ当たりされただけでしょ。
そんなに引きずる必要あるかな？
あと、コロナ禍だし、あまり一人一人とかやるより、お菓子をみなさんでどうぞ、とか言って置いておくだけでいいのでは？
主さんが自分でやりたいように、やって辞めて行けばいいと思います。
正直、主さんが辞めた後で起きるいろいろな事（今回のBさんみたいな事）って知る由もないし、知ったとしてもどうしようもないし、何をそんなに気にする必要があるのかわかりませんでした。
そんなに悩むならそもそも菓子折りなんかやめればいいでしょう？
主さんの気持ちなのだから、自分のやりたいようにやって気分よく辞めればいいと思います。
それに、主さんが気にしているところでないところであーだこーだ言われるかもしれないし、それこそ知る由もないのだから。
何をそんなに悩んでるのかいまいちわかりませんでした。

Bさんはもしかするとトピ主さんのことが嫌いなのかもしれません。「食べ残し」とはトピ主さんの食べ残しを指している可能性もありますよね。

BさんがAさんのことが嫌いなのか、一際偏屈な人のか、トピ主さんのことが嫌いなのかわかりませんが、そんな人一人を気にして全員に感謝を伝えるのを止めるという選択肢がトピ主さんの中にあるのですか？

お菓子を止めてハンカチにしたところで趣味じゃないと文句言われるだけだし、何もないのはトピ主さん自身が嫌なんでしょう？Bさん以外の全員に配るのもいいけどそれも嫌じゃないですか。

じゃあ自分が辞めた後でBさんが何を言おうが、捨てようが気にしなければいいのです。
受け取った人の中にもお菓子嫌いとかお菓子を避けてる人がいたかもしれませんが、退職する人からのお挨拶のお菓子に一々そんなことは言わないだけです。

職場のほとんどの人が「お菓子なんて迷惑だよね」と言ってるなら迷うのも分かるけど、たった一人の嫌味な人がいたというだけで迷ってるトピ主さんが意味不明です。

別に配るのでも置いておくのでもどっちでもいいですよ。
普段のお土産なら置いておいた方がいいけど、最後の挨拶のお菓子だから「お世話になりました」と言いながら配ったって、誰も迷惑だなんて思いません。
感謝を伝えることが一番の目的なのだから。

特に今のご時世ですから
「外部からの持ち帰りはなるべくしたくない」人も
おられると思います。

一箱、詰め合わせをドンとして
「皆様でどうぞ」と書いてコーヒーサーバーの側に
置いてたら？

親しい同僚がいたのなら
連絡は別の形で取れますよね。

トピ主さんは、送別のお菓子を
なぜ、Aさんの食べ残しと解釈したのですか？
どっちかっていうと、
Aさんから贈られたお菓子をトピ主さんが食べずに
Bさんに横流ししてきた、みたいな
お怒りの発言にもとれますけど。

後日、が、１週間くらい経過していて、
今更なんだ！という怒りなのかな。

そもそも全員いる日が最後の日なら、
みなさんに個別に手渡しできるし、
もしかしたら、面と向かって嫌みを言われるかもしれませんが、
とにかく、後日に何を言われようが
知る由もない（あ、余計な報告を連絡する同僚がいたりする？）から、
気にせず、自分のやりたいことをするのがいいのでは？

菓子折りって、相手に喜んでもらうよりも、
感謝の気持ちを形にしたものでしょう？

万人が喜んで受け取るという前提が違うのかも。
まぁ、そう書くと世知辛いですかね。

そんなに心配しなくても大丈夫なんじゃないかと。