＞地頭が悪いというわけではなく、単に努力や集中力が足りない
大多数はみんな、こうだと思います。
ここからどうにかして努力を重ね、学習をたくさんして身につけ、高得点を取っていく。

スポーツも、毎日コツコツ練習して実力を付けていくことをしていると思うのですが、勉強も同じです。
受験年になったからって、毎日の習慣や意識がなければ、部活が無くなったから・受験が近くなったからと言って急には出来ません。やはり、毎日の習慣なのだと思います。

人は基本的に怠惰なので、どうにかして楽しようとするのは仕方ないのです。
むしろ、どうにかして楽になりたいから、自動車や飛行機・電化製品などあらゆるものが進化してきたのですよ。そういうもんです。

受験期にコツコツ学習が出来ているお子さんはみな、幼い頃からご家庭で学習習慣を長時間かけて作ってきたのですよ。なだめ激励、四苦八苦しながらどうにか付けていく習慣だったりしてます。
主さん宅は幼稚園・小学生時代に、毎日コツコツと学習習慣をつける生活をしてきましたか？
もし、やられてこなかったとするならば、今のお子さんの状況はなるべくしてなってしまったものなのです。

受験する高校は、お子さん自身が行きたいと思われていますか？
最後は、本人の気持ちでしかありません。怠惰に打ち勝って「勉強めんどくさいけど、それでも行きたいから頑張ろう！」と、思えるかどうかだと思います。
お子さんに、そのへんの気持を聞いて、今後のことを話し合われたらいかがでしょうか。

野球推薦って誰でも貰えるわけではないですよね。
本人はそこまででもなくても学校自体は全国大会に進出したとか県大会ベスト4とかそれなりの結果を残していたのでしょうか。

あと推薦で生徒集めてる学校の部活って、お子さんが今の部活から考えてる部活生活よりハードでキツいってわかってないのでは？部活きつくて辞めてしまい、学校にもいづらくなって自主退学なんて事も。スポーツ推薦の子はその授業もそのコースで、クラスにはスポーツ推薦の子しかいないから学校から退学されなくても本人その環境が辛くてってなるみたいです。

まず部活の顧問や担任か進路指導の先生に野球推薦取れる見込みあるのか、その学校に推薦で行った先輩たちはどんな感じか聞いてみた方がいいと思います。お子さんではなく親が聞いた方がいいと思います。子供は先生の話を自分に都合よく解釈するので。

色々今は都合良い妄想で楽観視してるのでしょうから、現実をきちんと知ったらまた考えが変わるかもしれません

屁理屈を通してスマホで遊んでるのを黙認してるのなら親公認で勉強しなくていいと言ってるようなものですよね。とにかく道理の通らない事でも言い訳してればいいって事ですから。
うちの場合は、「勉強しないで遊ぶ（ゲーム・スマホ・動画など）時間が多いのなら塾は辞めさせる」と中１の頃から言ってきました。
塾は勉強時間を確保する為ではなく、勉強のノウハウを教えてもらう場所なので。これから高校大学に進学するにあたり、勉強を自分でできるようにしないと必ず行き詰るから。自学出来ない子っていうのは勉強を自分でするっていうのをどうしたらいいのか分からないんですよ。分からない事を「やれ」と言われても続かないしできない。だからこその塾です。
我が家では「遊ぶ時間を確保する為に高い塾代を払ってるんじゃない。遊ぶなら塾やめろ」です。なので、自学と塾は常にセットですし（今までは部活もハードでした）、本人は遊ぶ時間が欲しいから勉強も頑張っています。今は部活も引退して、夏期講習が始まるまでの間の「初めてのんびりできる夏休み時間」を満喫しています。私も、今くらいはダラっと過ごしていいと割り切っています。ホントに部活で忙しい3年間だったので。

推薦狙いで高校進学も悪くないと思います。ただ、その先はどうするのかも中3なら話して分かる歳です。野球で大学行けるほどの腕前ではなかったら、その先にあるのは？3年間なんてあっという間です。大学に行くのか、行くならどういう分野なのか、その為に行く高校はどうするか、やりたい事はどういう方面なのか（決まってないなら選択肢を広げておく必要）、目の前の「高校受験」ではなく何の為の受験で進学なのかという現実を真剣に話してみては？
大学進学しなけりゃ3年後には社会人です。下手したら来年から社会人にならざるを得ない結果になるかもしれない。「集中しろ」「勉強しろ」より現実を伝えてみては。

四輪駆動さま、スポーツ推薦のお話しが来たことで息子さんは少し安心してしまったのでしょうね。スポーツ推薦と言っても色々とあります。実は現在高校３年の子供は某競技のスポーツ特待生として高校へ入学しましたので、その時のことを少し書きます。
監督からお話しがあったからと言っても、実際にその高校へ体験入部へ行った事はないのですか？まだでしたら、すぐにでも行って下さい。実際の体験で、自分の思っていたような部活ではないと感じることもあります。
  また、私立高校であってもどんなに上手い選手だろうが中学の成績が底辺では入れない場合もあります。ましてや公立高校でしたら合格圏内の点数を取る必要があります。
 家庭教師と塾で勉強をしていらっしゃるようですので、授業料の心配は必要ないと思いますが…。子供の場合、スポーツ特待生として全額授業料免除には内申点が36以上必要でした。(9教科で平均4以上)子供の高校も野球部が強いので、推薦の野球部部員は多数在籍していますが、特待生はごくわずかです。授業料を払っている部員が大多数なのです。今の時代、スポーツさえ出来れば成績はどうでもよいという高校はありません。スポーツ推薦にも人数の制限があります。また、入学しても赤点では試合に出させてもらえません。赤点の生徒は誰もが補習を受けます。厳しい練習の合間にコツコツと勉強をすることを求められます。
 大学へのスポーツ推薦はさらにハードルが上がります。強豪大学は全国大会での優秀な成績がないと受験すら許されません。入れる学部が限定される時もあります。
もちろん、授業料免除は全国的に有名な選手だけです。人数も制限があり、学力優秀な私大の場合は高校の評定が3.5以上という規定がある場合も…、部活を辞めれば退学させられる場合がほとんど。ご子息と将来についてもっと深く話し合われる必要があると思います。