お金を所持している本人の勘違いや他の子供のケースがないと100パーセント言い切れる状況なのでしょうか。

息子が盗んだとしか思えないと書かれていますが、人の目がない数分あれば勘違いでない場合は他の人間だって可能性があります。
まずご主人のポケットにお金が入っていると必ず決まっているものなのでしょうか。
誰もがそこに入っているとわかっているならやりようはいくらでもあると思います。
高層階にお住まいでなく・窓は全部しまった状態で、玄関も施錠はしていましたか、絶対第三者ではないと言い切れますか。
絶対自宅でなくなったというのであれば警察を呼んで調べてもらいましょう。

他のお子さんが不在の状況で、ご主人が自宅到着の際に手元にあるのを確認し、その息子さんがいた状況で数分後にお金がなくなったのなら疑われるのも仕方ないと思います。
その時は全員(ご主人・トピ主さんも含む)平等に荷物検査でもすればいいんですよ。
そうすれば勘違いでもなくお金が出てくるかもしれません。

数日経っていて気づいたなら状況的に息子さんとは言い切れないですし、もし冤罪だった場合はもうお子さんからの信頼はないものだと覚悟して下さい。
もし他のお子さんの場合だった時は「うまくやればアイツが罪をきせられるから大丈夫」という後ろ暗い部分を増長させているでしょうね。

もちろんその息子さんの可能性もありますが、泣いているうちに本人が「やっていない」と本当のことのように思いこんでしまう場合もあるので、確実な証拠がなければご主人の対応を取らざるを得ないと思います。

これからは三回目が発生しないようにお金の管理はきっちりして下さい。
それと”お子さん全員”のお金の使い方もチェックしておきましょう。

子供でなくても、証拠がないのに、疑うことはしてはいけないと思うので、トピ主さんの言い分には共感できません。

そんなに信用できないなら、お金の管理を徹底して、盗られないようにまずするべきですし、子供がお金を盗らなくても済むように、日頃から接するべきです。

お小遣いとか、お年玉で、お子さんが自由に使えるお金をそれなりに持たせていますか？親のお金を盗るのはいけないことですが、とってしまったなら、その状況になったのは何故なのかも考えたらどうですか？

うちは、お金の事で子供と揉めたことは一度もないので、親のお金をくすねてまで何かしたいなんて、子供は考えた事がないはずです。

確証がないから疑ってるという言葉になるんですよね
なぜそこまで間違いないって思えるのか不思議でなりません。

お子さんの口から　「どうせ疑ってるんでしょ」って言葉
ものすごく不憫でなりません
そのうえで、疑ってるとはっきり言いますって
正直不思議でなりません

万が一違っていた時親としてどうするおつもりですか
その覚悟があって言ってるのですか？

私はご主人派です。
状況から見て、と言いますが、何の証拠もないのなら犯人は神様しか知りません。
＞どんなに怒ってきても引いたらいけないと思っています
いや、これはどうでしょう。
証拠もないのに、決めつけていいのかな。
いいはずないでしょう。
ご主人は甘いのではなく、一度は本人を信じてあげて、（放任ではなく）見守るというスタンスだと思います。
トピ主のようなやり方で、大人がねじ伏せても心は離れるだけですよ。
そのうち取り返しのつかない悪事を「隠れて」するようになるかもしれません。
トピ主の対応は問題があると思います。