公共交通機関なら事前にチケット手配してなければ、あなたが欠席してもその分交通費が発生しないのでキャンセル料無料。

しかし貸し切りバスのほうが安価になるので手配、であなたがキャンセルした分バス１台の料金が安くなるわけじゃないので、頭割り分をキャンセル料として徴収し、出席者に負担が増えないようにする。

あとは宿泊費でしょうね。「民宿一棟貸し切り」なら同じように頭割り相当キャンセル料発生しそう。

貴女も、合宿には参加する予定でいたのですよね？
でも、最近になって「コロナの状況の悪さから、キャンセルを申し出た」という理解で合っていますよね？

そうであるならば、致し方ない事だと思います。

貴女は、「私が乗らなくても、同じバスを借りる事に変わりは無いのだから、キャンセル料は納得できない」と考えている。
しかし先輩は「母数（＝参加人数）が減ると割り勘した時に、1人1人の負担額が高くなるから」と言う。

客観的に見て、どちらの言い分が妥当だと思われますか？

仮に、25名参加予定でバスをチャーターし、その費用が5万円だったとします。
一人、2000円の費用負担予定で、参加者にもそう知らされていました。
しかし、開催間近になり、不参加を表明した人が出たため、20名（例えばの話ですので、わかりやすい数字にしました）で支払わなければならず、一人分の負担額が2500円になりました。

この様な状況で、貴女は参加する方の人だったら、納得してお支払いになれるのでしょうか？

＞人数変更でバスがキャンセルになった、もしくは最終的な人数ならもっと安いバスを借りれたのに、といった理由ならまだ分かりますが

参加予定の方達からすれば、一旦アナウンスされた参加費用が、不参加者のせいで高くなってしまう事は十分な理由になると思うのですが。違いますか？

まあ、この時期に合宿を強行しようとする方の事を擁護したくは有りませんが、コロナの問題は、昨日今日に始まった事ではありませんし、最近になってキャンセルを申し出た貴女もご同類です。

コロナの問題を別にするならば、今回の費用負担要求は、ごく普通の当たり前の事です。
宿や施設のキャンセル料とは違い、「参加予定者の一部負担金」であり、企画段階で不参加表明をしていなかった以上、支払うべき費用だと思います。