症状としてはあまりよくないような

彼にとっては、まだ慣れないからこそならいいのですが
毎週末毎回って、やっぱり見過ごせないので

もう一度病院で薬の調整が必要なレベルだと思います

てんかんは一生付き合う病気なので、
腹を割って話せるようにならないと続けられないとも思います

少なくともトピ主さんは彼を受け入れる努力をしていのですから
彼ばかりが知らない、何もしないのもどうかなと思いますよ

まず、迷惑をかけている自覚があるなら、暫くお泊りは控えたら？
迷惑なのは間違いないけど、謝罪に伺うのはクレームが来てからでいいのでは？
心配なら管理会社とか管理人さん（いれば）に、「友人が止まりに来て明け方ちょっと騒いでしまって、申し訳ない」とお話ししておいて、クレームがあった家に謝りに行くなりすればいいですよ。（住人でない彼の病気をお話しする必要はないと思う）
今後彼と暮らす、泊まりに来てもらうなら防音の効いた部屋（楽器24時間OKとか）を探してそこに住む事です。
あと、彼は無自覚かもしれないから、「明け方3回くらい叫んでたよ」って発作が起きている事を伝えて、次に診察に行くときにちゃんと相談した方がいい事も話しましょう。こっちの方が大事です、病状の変化は命に係わる、薬があってないか、合わなくなってきてることもあるからね。
それと、彼女の家にお泊りだけでテンションが上がってしまっているはずだから、飲酒は禁止（これは本当は普段から彼はしなきゃダメな事）、服薬したこともちゃんと確認。睡眠不足、過労状態でないように気を付けてあげないと。

てんかんはそんな頻回発作起こしちゃダメだよ、そのために薬飲んで起きないようにコントロールしてんだから。いや、頻発するてんかん発作て、ながいことそのままにしとくと脳にダメージあるのよ。

ちゃんと服薬しててそんな再再発作が起きるなら、早くかかってる病院受診して薬を調整してもらわんといかんでしょ。
それを勧めようよ。

寝ている時にしか発作は起こらないのですか？

そうだとしてもお薬が合っていないように思います。
なので、大声を出している部分は伏せて、夜中に3回くらい発作が起こっているから心配で、病院で相談したほうがいいのかな、体調が心配だと伝えるのはいかがでしょう。

近隣の人がどう思うかも大切ですが、日中に車の運転中などに同じ発作が起こったら大変ですから、お薬を変えることで改善できるならそうしたほうがいいかと思います。