家具とか揃える前に…同棲するマンションの場所は分かっていたんだから、通勤時間は想定内のはずでは？
なんで今さら違うところに住もうって相談をするのか。

あと「住もう」じゃなくて「住みたい」ね。自分が原因で場所を変えたいのだから、お願いしますという姿勢じゃないと。

下痢のことも彼は知ってるんでしょ？まさか知らないとか？相談を持ちかけられた時にそういう事は言っておかないとあとあと面倒になりますよ。

そもそも、同棲するにあたり、通勤に難が出る事はわかってた事でしょ。
なのに話を進めたのは主さんでしょ。
どうしてその段階で、

＞＞それともマンションではなく私の通勤時間が短くなれるような場所に住もうと話していいか悩んでいます。

この話ができなかったのか謎でした。
それは過敏性腸炎とかそういう問題じゃなくて、そういう話ができなかった事が問題かと。
正直、家具も買って生活ができる状態にきて、新しく家を借りるという事の手間。
多分、彼の親のマンションだったら敷金礼金がかからないとかそういう理由かと思うけど、彼がそれで押し通したのだとすれば主さんに対して配慮がないよね。
そして主さん自身も言うべきだったよね。
通勤が困難になるのが分かっていたのだから。
彼に話していいと思う。
現実、主さん通勤が大変なんでしょ？
仕方ないじゃない。
そして彼がどういう人かを見るチャンスだとも思う。
彼の親のマンションがなければ同棲しなかったのだとすれば、今更他の部屋を借りる事を彼は嫌がると思うし（敷礼引っ越し代かかる）そういう態度もわかるんじゃないかな？
私なら、敷礼は半分こにして貰って、引っ越し代は自分が持つから別の家を探したいって言うかも。
まあ、最初に言うべきだったよね。

トピ主は、彼に提案される前から同棲したかったのですか？
自分にとって不利な条件なのに、同棲に同意したのは
よほど彼と一緒にいたかったから？
なぜ結婚じゃなくて同棲なのでしょうか。

同棲を提案されて嬉しかったのかな。
その場合、通勤が１時間になるのは困るので別の場所で
とか提案してみましたか？

まさかとは思いますが、
言われっぱなしの言いなり？
自分の意志や希望は随時ちゃんと伝えましょう。

私ならそんな同棲には全く同意しませんし、
断れなくてそうなってしまったとしたら（考えにくいですが）
ちゃんと解消しますが。
トピ主はどのように対処するのでしょうか。

そんな相談もできないような関係では、一緒に暮らすうちに嫌になって、早々にお別れすることになるでしょう。
引越しに×お金も労力ももったいないし、今のうちにお別れしても同じですよ。

本気でその彼と一緒に生きていきたいと思っていらっしゃるなら、ご自身が考えていることはちゃんと伝えられるようになりましょう。
その話し合いで納得した結果であれば、現状のままであっても受け入れられると思います。

彼氏から同棲しようと持ちかけられ、既に彼氏のマンションに家具等揃え生活出来るようにしたんですよね？ここまで何も言わなかったのに、生活の準備ができてからトピ主の通勤時間が短くなれるような場所に住もうと話すつもりなんですか？

同棲しようと持ち掛けられた時点で自分の体のことはもちろん、マンションの場所も通勤時間も分かりきっていたことですよね。何で今になって言い出すのか意味が分からない。同棲を持ち掛けられた時点で言うべきことであって、全部分かった上で生活できるようにしたなら、彼からすればトピ主はマンションでの同棲に合意していると思って当然です。

トピ主の通勤時間が短くなる場所への転居や、同棲自体を解消するのであれば、最低限今回かかった引っ越し費用等はトピ主が負担し、彼に返済すべきでしょうね。
どう考えても、今更言い出すことではありません。