・隣同士の方がしゃべりやすい
・4人掛けテーブルが2人掛けを二つくっつけたものであるとき、対面で座っていると一つのテーブルを店員さんが別のお客さん用に切り離してしまう可能性があるから確保している
・テーブルについている椅子が、片側がソファでもう片側が椅子の時二人とも楽なソファ側に座りたくて譲らなかったので二人でソファ側に並んで座っている（これは経験あり）

など思い付きました。

時々居ますね。
単に話しやすいからとか？ではないですか。
私は絶対嫌ですけどね。

お互い2人とも視線の先の景色　窓の外の景色などを見ていませんか。

私は一人で喫茶店へ行きますけれど、いつも視線の先が窓の外の景色 (景色といっても　国道ですけれど) が見える座席に座ります。初めて利用したとき店員さんが、

「ここで　いいんですか」

と言われるので私は、

「この窓の外の景色を眺めるのが　好きなんですよ」

と返事しました。

確かに私も夫と外食の時、時々隣り同士に坐ることがあります。

隣り同士の方が大声出さずに話せるから。
大きいテーブルに向かい合って座ると距離があるので少し大きめの声で話す必要が生じ、わざわざ大声で話すような話でも無いし、話し声が周りの人に迷惑になっても困るので、隣り同士に坐ります。

また、並んで座った方が2人とも外のきれいな景色が見えるような場合は、並んで座ります。
せっかく景色がきれいなのに一人が背中向けて見えないんではかわいそう。
景色も食事も楽しみたいから。

考えたこともなかったけど、そうなのか、ちょっと変に見えるのかな？

若いカップルの場合はイチャイチャしたいんだろうけど、私達はそれは無いな（笑）。