相手先企業が求めていてしかもほど理不尽な内容ならともかくそうではないのですから、応じれば良いだけではないでしょうか。応じなければ出入り禁止となるだけですし、そもそもトピ主が判断することではありませんし、トピ主が疑問に感じるかどうかやトピ主の屁理屈はは相手先企業にとっては全く関係も無い事です。
常識の無い奴だと思われるかも知れませんが、トピ主の会社や上司に相談されてはどうでしょうか。検査費用程度は経費として認めてもらえるかも知れません。

＞ワクチン接種証明のほうが現実的

これは、あなた都合だけの価値観でしょう。
保証されてないと指摘していますが、ワクチンを打ったから何か保証されるのですか？

＞企業へ訪問してサービス提供する仕事

やっぱりここではないですか？
企業としての責任や、万が一コロナが出た場合の出所把握など陰性証明があれば日付から
期間くらいは追えると思います。
訪問先企業の担当者に理由を直接聞いた方が一番現実的だと思いますけど。

相手方が提出を求めているので、応じないなら訪問はしないでくれという事になると思います。

ワクチン接種証明は陰性とは関係ありません。
ワクチンを打ったら感染しないのではなく、打たないよりは感染しづらく感染しても重症化しないためのものです。
つまり、ワクチン接種証明は別に現実的ではないと思います。

陰性証明も検査時点での陰性を証明するだけなので、例えばその後に感染するような行動をしても「ほら、陰性よ」と証明書を見せてもトピ主さんが考えるようにあまり意味は無いと思います。

ただ今回は相手が求めているので拒否すれば相手もトピ主さんを拒否する事になりますが、それで仕事的に問題がなければ提出しなくても良いかと思います。
国は陰性証明書を出していないようですが、個人で医療機関から出してもらえるみたいですね。２～３万円かかるので痛い支出かとは思います。もっと安価にできる所もあるのかな。

意味があるか無いかで言えばブレイクスルー感染があるという状態でワクチン証明だって意味が無いです。

でもそれを求める側の気持ちも分かります。「担当者が安心感を得たいだけ」というのは単なる気分の問題ではなく、問題があった時にここまで対策したという責任の問題にもなるからです。

問題はその費用が自腹ということ。
業務上発生していることなのだから、会社に経費として請求すべきではないでしょうか？

私の夫が民間の簡易的な検査を受けましたが、「陰性」とは断定していませんでした。「リスクが少ない」みたいな書き方でしたね。確かそれで3000円ぐらいでした。

ちゃんと医療機関で鼻の粘膜から取るタイプは３万円ぐらいするのではないかと思います。
それとて「陰性証明」ではないと思います。

お勤めの企業に「これを求められているので経費請求したい」と要請してはいかがですか？
一回取れば終わりじゃないのだから、会社としての方針を決めてもらった方がいいと思いますよ。