私が感じたことです。
トピを読む限り、2つ考えられるかなと思いました。

（１）プライドや指摘に慣れていない事から来る｢そうですよね！｣

30代となると仕事をすることそのものに若い頃よりプライドがあったりする。
また、ダブルワークで本職では周囲からの指摘されることもほぼない。
そんな状況だと、初めての職種でも素直に｢はい｣と言えない人もいるかもしれませんね。
＞「返事は　はい、でいいよ」
という主さんの気持ち分かります。


（２）Aさんは本心から「あ～　そうだった！！失敗した！」と思っている。

＞初歩的なミスが半年以上経った今でもなかなか修正されず

このような場合、（１）ではなく（２）の可能性の方が高いかなと私は思います。
ただただ推測でしかありませんが、発達障害の1つではと考えて接します。

覚える気がないのではなく、本人の気持ちに関わらず、その時は不注意からミスをする。指摘されるとミスだったと分かる。
生まれつきの特性でそのような方もいるので、、、

こちらから本人には聞きません。
本人や家族も気づいていない人もいます。

もちろん一緒に働く人、また主さんは経営者ということで、違和感を感じるお気持ちも分かるし、そんな簡単ではないことだとは思います。

＞※注意する時は他のバイトさんに気付かれないよう、コッソリ言うようにしています。

とても配慮のある上司ですね。
もし、Aさんのするミスそのものが許容できる範囲であり、返事に違和感があるだけの状況なら、この対応を続けてあげて欲しいと思います。
それ以上の対応は本人からの申し出や同意がないと難しいので。

会社に全く同じ様な人がいます。
多分プライドが高くて指摘を認めたくないんだと思います。

事務職ですが教えても、そうですよね〜と返事が来ます。
PCの操作ではこうやると早く出来るよと教えると、私もそうやってました！と。

わかっているならそうやれば？と思いましたけどね。
トピ主さんはそうもいかないのかもしれませんが、私は教えるのやめました。

そうですね、ってことは知ってるんだと。
勝手にやってもらってます。
間違っても知りません。

なんとなくですが、あなたが、
「それはこっちが先の方がいいよ～～」という言い方をするから、
「ああ、確かに！」（言われてみたらその方が良いね、私もそう思うわ）
「あっ、そう言えばそうだった（忘れてた）」って思い、
「ですよね～」系の返事が返ってくるんじゃないですか？

仮に私が他人から「それはこっちが先の方がいいよ」という言い方をされたら。
初めて聞くことで、可も不可もなくな内容なら、
「そうなんですね、わかりました」。
初めて聞くことで、考えてみたら確かにそうだなと非常に納得できることに関しては、
「確かにそうですね」。
以前に聞いたことあるなら、
「すみません。そうでしたね」
そう答えるのが自然な流れだと感じます。
「こっちが先の方が良いよ」→「はい」は不自然な気がします。

＞「返事は　はい、でいいよ」と注意したいくらいなんですが

注意したければしたって良いと思いますが、
個人的には、あなた自身が相手に
「はい」という返答をさせるような投げかけをしてないのに？とは思います。

相手から何が何でも「はい」という返答をを引き出したいのなら、
「こっちが先の方がいいよ」という言い方ではなく、
例えば、「次からは必ずこっちを先にしてください」と言うべきだと思います。