地方の本社でも良いと答えて、一次面接を通ったのですよね？

それが通過の一つの要件になっていませんか？

同じことがあってとても印象が悪かったです。

同席した部下(上司になる予定の者)は採用しても良いのではという意見でしたが、却下しました。
我々の場合は実はどちらの勤務地でも良かったのですが、相手の時間を無駄にする可能性があるのに、事前に伝えてこないようなマナー感覚の者を採用する気にはなりませんでした。

面接前にエージェント経由できちんと伝え、それでも良ければ是非予定どおり面接を受けさせていただきたいと申し出るのが良いと思います。

「配属予定部署の大部分の方は東京・・」
「やはり最初の数年だけでも・・」

　つまり転勤の可能性がある正社員などへの応募ですね。その場合は給与体系や昇進などの待遇は転勤がある前提で考えられています。だから「地方勤務で内定を頂いても入社はしないと思います」等と特定の場所でしか働く気がない人は採用できません。評価が下がる以前の判断です。
　ましてや一次面接通過の判断はあなたの意思表示も考慮されています。一次通過をしてからその前提を反故にするのはかなりズルい人間です。

　ちなみに正社員の様に転勤可能の雇用形態で採用された後の配属先は会社の権限下です。仮に希望を聞かれていても希望通りの配属にされる保証はありません。

　ひとつの例ですが、入社当時の私の勤め先は２つの都市に大きな配属先があり、原則として本人が希望する場所に新入社員を配属していました。しかし一時期は希望の正反対に配属をしていた時期があります。それは転勤時に今の場所から動きたくないと文句を言った人がいたのがきっかけです。
　そんな社員がいるのなら、最初は希望と違う場所に配属しておいた方が転勤等の人員配置がスムーズになります。希望する支店への転勤なら文句をいう人はいませんよね。転勤のタイミングで辞められると、それまでの社員教育も好待遇も無駄になる上に、経営計画が狂います。あえて最初に希望しない町や部署に配属をしてそれに不満を感じる人には辞めてもらった方がマシです。
　だからあなたも東京配属を希望して採用されても、わざと地方に配属される可能性もありますよ。東京以外なら辞める人間なのに嘘をついて転勤がある正社員に応募する人間はそうして確かめるしかありません｡

　結婚も就職も誠実であることが大切です。
　東京でしか勤める気がないのであれば、転勤アリが前提の待遇を狙ってはいけません。転勤がない前提の仕事に応募するべきですよ。