先払いやサービスとして発行している商品券ならお店の扱いは現金と同じですよ。あなたの店にとってその商品券は金券の筈です。あなた自身がお金と商品券に差をつけていることが混乱の元です。

「1000円札10枚をもっているが1万円札で払いたいので、後で１万円札をもってくるね」

　あなたはそんな理屈を認めただけですよ。
　私なら原則として、１万円札でも1000円札でも商品券でもちゃんと精算をしてもらいますよ。どのお札や商品券を準備するかはお客様の自由であり責任です。

「とりあえず現金で払ってもらい一定時間(期間)内にレシートと一緒に商品券を持ってきてくれればお金と差し換える」　もしお店の方針で可能ならばそんな方法でもいいと思いますが、その様な運用が出来ないのであれば現金払いやクレジット払い等その他の方法での精算が大原則ですよ。

　あなたは「使うつもりのクレジットカードを忘れた～」と言われてもお金を貰わずに帰って頂きますか？私なら別のカードか現金で払ってもらいますよ。

　個人的に私はそんなお人良しの人間は大好きです。しかしお店では失敗の元ですよ。「お財布を忘れたから家に取りに帰る」「後でお金(金券)を持ってくる」・・　食い逃げする時に店員に伝える言葉のお約束です。その客にどの程度の悪意があったかは分かりませんが、漫画のネタにもならない程に使い古されたお約束の口実を認めて踏み倒されているのですから、プロとして甘かったことは反省して下さい。お客だけを悪者にしていますが、明確な約束も後払い伝票なども作らずにそれを認めたのはあなたですよ。

　どちらにしてもプロとして善後策を考えて下さいね。