お互い家賃や便利さで同居しているのでしょうが、
トピ主さんの悩みはトピ主さんの性格や行動だけが問題でしょうか？
どんなに仲良しの友人でも他人です。育った環境が違ったり、考え方の違う相手と暮らすのは、かなりストレスが溜まりますよね？ご友人が不機嫌になるのは最近のことですか？同居する前からそうなる人でしたか？
これからも同居されるなら、お互いに改善してほしいところ、妥協して欲しいところをすり合わせて、うまく暮らしていくしかないと思いますよ？

その指摘された内容はあなたにとって改善する事が可能なのか、どうかですね。あなたが悪いとか良いとか関係ない、それが出来るか出来ないか、です。

例えあなたが『共有部分のリビングなどを汚してしまい、掃除が出来ない』とかの圧倒的にあなたに非がある部分であったとしても、それがあなたが改善する事が出来ないのであれば一緒に住むのは不可能になると思います。

そしてご友人はちょっと悟ってチャン気質があると考えますので、あなたが指摘された事を改善できなければ不機嫌になる事で伝えようとしてきます。あなたとしては一緒に住むなら仲の良い友達ではなく、ハッキリ物を言う友達の方がストレスが少ないように感じますよ。