私が親の立場なら断然袴を着てほしいです。
ガウンなんか写真だけ取っておけば良いでしょう。修了式に華を添えてください。

アカデミック・ガウンは学位を授与されたもののみの特権です。　修士乃至博士後期課程を終了したならば、学士のガウンにフードがつくはずです。　日本ではまだまだ着用資格がある人はごく少ないものです。　日本では、普段はまず着ることのできないものですから、ぜひアカデミック・ガウンの着用をおすすめします。

袴姿は、学位記を手にして後日写真屋さんで撮影されてはいかがですか？

うちの夫はミッション系の大学の教員ですが。
その大学の卒業式出席はガウンと角帽の着用が義務ですので夫も着ますし卒業生修了生は全員ガウン着用で臨みます（大体みんな大学から貸出を受けますわな、大学はたくさんガウンと角帽持ってんだなあ）。
で、女子はガウンの下は袴姿が多いですよ（勿論スーツの人もいますがね）。
ガウン大きいもん。袴の上からバッと羽織って角帽かぶって式に出て、
終わって外に出て、綺麗なキャンパスでガウン姿で適宜皆と写真撮ったら、次はガウン脱いで袴姿でみんなと写真撮ってるよ。男子はガウン着たまま組が多いから、なんか色々上がってる卒業式後のスナップ写真の様子はガウン姿と袴姿が渾然一体だ。
去年と一昨年は卒業式がオンラインになってそういう風景が見られず残念でしたがね。

＞修了式に袴を着ていくことがマナー違反ではないか、

それは問題ないでしょ。
私が地方国立大の院を修了する時にはスーツでしたが（ガウンなど無い）、同輩の中には着物姿の人や袴姿の人も勿論いましたし。
留学生の中にはそれぞれの民族の正装をする人もいましたしね。日本人が式にふさわしい格の着物や袴で出席してダメなことはないでしょう。
そもそも、トピ主さんの場合、修了式にはガウン姿で出るわけでしょ、下に何着ようが。

大学院修了おめでとうございます。

袴にアカデミックガウンを羽織る案に１票です。
大学卒業式に袴を着るチャンスがなかったのは残念だったと思います。袴は学問を学ぶ場での正装ですから、ぜひ一度は教育環境にいるうちに着たいですよね。大学院の修了式で袴を着ることに問題はないと思います。
アカデミックガウンも西洋では学問を学ぶ場で着る伝統的な装いです。こちらを正当な理由で羽織れるのも今だけの特権ではないでしょうか。

私は修士課程修了式ではスーツにガウンで出席しました。というのも、大学の時に袴を着たからです。そうでなかったらやはり袴にガウンを選んでいたと思います。

集合写真の時には皆と統一させて、個人撮影の時はガウンと袴姿と両方好きなだけ撮ったら良いですよ。一生に数少ない機会ですからどうか楽しんできてください。