仲が良ければ冗談で言いますし、言われます。
言われたときは「うるせー(笑)」と冗談交じりで返します。
何度もミスする後輩がいたら「（何回も同じことを教えたのに）何やってんの」と言うこともあります。
ニュアンスやその前後の行動によって意味も変わってきますが、どういう状況で言われたんですか？
まぁ独り言と思ってスルーするのが一番いいと思いますよ。

腹は立たないけど、意味ないのになんで言うのかなと思います。

何やってるのって、失敗しちゃった以外の何でもないのに、わざわざ言う意味わからないですよね。

特に子供が失敗した時に言ってる人はどう言うつもりなのかと思う。言われた子供が萎縮するのになぁって。

私は言われたら「見てわからない？ミスしたからリカバリー中」と言います。

あと、不快な表現、自分では言わないようにする、それしかないですよ。
そこまで傷つく表現でもないかなと個人的には思います。

自分が指導する立場(相手が子供だったり後輩だったり)や遠慮が必要な相手の時は、何か手伝える事あったら言ってねって言いますが、友達や気心の知れた人などには、何やってんですかー笑とか言ってしまいますし、言われます。

私は言われた時にイラッとはしませんので、ヘボっちゃってさーとか普通に返してますが、言った時にあきらかに不機嫌そうとわかった人には、「この人に軽口は言えない」と理解してその後は遠慮がちな対応になります。

捉え方はそれぞれなので、良い悪いはないと思います。

言われても、なにも言えないかな。だって見れば分かる事。言ってる方も特に答えを期待してないのでは？もしくは、「ごめんなさい」と言わせたいとか。
物心ついた時から、母親が毎日怒鳴りながらこのセリフを言ってたので、私には嫌悪感しかありません。
自分だったら、「なにやってんの？」じゃなくて「どうしたの？」と言いますね。

北海道を旅行した時、ユースホステルで、ジンギスカンをみんなで囲んでいた時、お隣に座っていた外国人の方たちに言われたことがあります。
何か私たちがへまなことをした時に、ファットアーユードゥーイング？と言っていました。普通に英語で言うんだ～と短大生の私たちは思いました。
へまなことをやっているときに使うみたいです。

私が習っている稽古事でそういう人がいます。
いつも人の粗探しをして、見つけたら鬼の首を取ったように
鼻先でせせら笑いながら「なぁ～にやってんのぉ(笑)」
私は無視しています。他の人もそのようです。
それでいて自分の失敗は「キャハ☆」で終わり。周りはやはり無視。
マウント取ることしか考えてない人にかかわるのは不快だし時間の無駄。
長年稽古していると、周りもそれが分かってきて、その人は孤立してますよ。
先生にだけは媚びへつらって、まだしがみついていますけど。
こんな嫌な人ばかりではないと思いますが、
リアクションしないことが一番精神衛生上良いと思います。