元気なお子さんのようなので、ハイキング＋温泉などはいかがでしょうか。夏なら海水浴もいいですし、今の季節なら高原に宿をとってレンタサイクルでサイクリングもいいかも。6〜7月なら蛍も期待できます。

家族風呂のある旅館、民宿、ペンションであればお風呂も解決すると思います。

私はシングルマザーで自閉症の騒々しいタイプの娘1人とあちこち行きましたが、子どもにとっては「きれいなものを見る」より自分が何かをする(歩く、泳ぐ、化石探し、沢遊び、動物に触る、スキー、釣りなど)方が印象に残るようです。おすすめは、
長野なら栂池高原、八方尾根、木曽駒ヶ岳の千畳敷、(いずれもロープウエイで行け栂池と八方尾根は温泉も近く麓の小谷村と白馬村の雰囲気も素敵です)、車山高原、
新潟なら越後湯沢の湯沢高原、群馬なら尾瀬です。尾瀬は、尾瀬の中の山小屋の宿泊がお勧めです。
上記以外でも有名な高原には個人経営で特色のあるペンションや民宿がたくさんありますのでお好みにあわせればよいかと。
キャンプが流行ってますが6歳児と大人1人なら食事付の宿に泊まる方がおすすめです。

また、お寺の宿坊に泊まって朝のお勤めに参加するのも良いかもです。京都の仁和寺、智積院、滋賀の延暦寺会館、高野山の宿坊が(私たちには)よかったです。延暦寺と高野山はハイキングも兼ねられますし、お坊さんとお話するのもいい経験になると思います。

ご参考になれば幸いです。