まずその書類の整理・片付けは業務かどうかが一番の問題では無いでしょうか。

一般論としては残業に該当するように見えますが、それは業務じゃ無いとトピ主も会社も認識されているのであれば当然就業時間としては記録するべきではありませんし、上司さんは書類上の齟齬が出るのを嫌ってるだけです。

と言うよりもまず使う予定が無いのならPCに限らず機器の電源は切る習慣を身につけましょう。

ダメですよ、残業の座間稼ぎなんてしていては。
会社に損害を与えないでください。
もし誤解だというのであれば、が誤解されるようなことをしないことです。

まず、その片付けは仕事なんですか？
それとも、整理整頓したいから片付けてるだけ？

残業のお金を上司が出すわけじゃないとか意味不明なこと言ってるあたり、あなたってとんでもない子供っぽいですね。
会社経営って、給料出してる社長だけが考えるわけじゃないですよ。
会社には従業員の給料やその他の経費などの予算もある程度決まっています。
あなたは末端の平社員で、日々仕事をこなしていればいいと思っているのかもしれませんが、実際はそうじゃありません。
残業すればそのぶん経費がかかり、売り上げが減るんです。
会社にとっては損ですから、同じ仕事をこなすなら残業せずにしてくれたほうが会社にとっては利益です。
それを管理するのが上司。
上司なら、お金の管理をするのは当たり前だし、注意するのも当然です。

主任、課長、部長・・・と、役職ともなれば部下全体の仕事ぶりだけじゃなく、お金の管理もすべてするのが仕事です。
むしろお金の管理が役職者の仕事ですから。
役職者の給料が平社員よりいいのは、そういうお金の管理もしているからです。

会社とは利益を出すのが目的ですから、お金にうるさいのは当たり前のことでしょ。
利益を出せない、経費がかかりすぎている、赤字になっている、これらは役職者の責任でもあります。
課長や部長クラスになると、会社に利益を出したかどうか、部下の残業なども含めてお金を使いすぎてないか、が給料に大きく影響します。
特にボーナスに響いてきたりしますからね。

あなたがもし仕事じゃないのに、会社に残って残業をつけているとしたら、そりゃ注意されて当然でしょう。
あなたも社会人なんですから、常に経営者の立場になって考えてください。
どうすれば効率よく利益を出せるか。

でも、その作業が仕事なら残業手当をもらっていいんです。
そういう場合は、何の作業をしているのかちゃんと説明したほうがいいです。

　上司の指摘はズレてますね。

　終業時間内でする事と翌日に廻す事の線引きを教えることでしょう。今の時季だと配属されて間がないから、担当業務も明確ではないのでしょうけど。

今日中にしなければいけない仕事じゃなくて
帰社前の片付け程度ならパソコンの電源を切ってからがいいと思います。
書類整理がどういうものなのかによるかな。
就業時間過ぎそうなら、時間内に書類関係のことをやってから
残業時間にパソコン作業をやるとか？？

>上司が給料出すわけじゃないのになぜ気になるのか不思議

課の残業時間＆残業代が増えると上司の査定に響くのではないでしょうか。

勤怠管理者である上司にしてみれば、自分が容認してもいない残業を
部下が勝手にされては困ります。

あなたがこれからなすべきことは、その日に完了すべき担当業務を
所定労働時間内に完了できるよう自己管理することです。
もちろん片付けも含めてね。

上司の立場なら当然の指摘です。

＞上司が給料出すわけじゃない
そりゃ、上司のポケットマネーから出すわけではありません。
会社のお金ですよ。
しかし、管理職ともなれば、部門の収支に責任を持つ立場です。
余計な残業代を出すことになれば、それだけ部門の収支が悪化します。
だから
＞気になる
のです。

残業は管理者が命令があって行えるものです。
自己判断で行っていいものではありません。
残業の命令がない以上、パソコンの電源を切れという指示は正しいです。
本来、片付けも就業時間中に行うべきものです。

今ならどこの企業でも、机上に書類を放置は厳禁ですよね。
この状況では、最低限の片づけ（引き出しに放り込んで施錠するくらい）で帰るのが正解です。