マイホーム購入が時期尚早だったのでしょうね。
無計画です。
それはそれとして、次なる転職では給与も大幅減になると思いますよ。
もちろん、待遇も悪化。
客観的に考えてみてください。
3か月で退職するような人間を雇用したいという優良企業が、一体どこにあると思いますか。

30歳までの出産は、トピ主自身のミスにより妥協するしかないと思います。
少なくとも2年くらいは勤めてから転職活動。
待遇と給与を維持したいのなら、賢明に行動してください。

産休育休前提の妊娠を考えていたなら、大手の会社を辞めないが一番の選択肢であったろうと思います。
そして、薬剤師国保は求人票に書いてませんでしたか。
私も業種専門の国保ですが、従業員には伝えて入社してもらっています。
多分、出産手当はあると思いますよ。

色んな人の意見が何か分かりませんが
中小調剤薬局だと、余剰人員なんて全く無いから育休も拒否できなくても取りづらいなんてこともあり得ます。
私の職場でも現実取らせてあげられるか自信が無いのでトピ主さんみたいな人を雇用できないだろうなと思ってます。
育休中に国保を払うだけで生活が出来なくなるくらいの収入でマイホームも購入しておられるし
その辺りからも妊娠と転職と収入とのバランスが悪いです。

ただ、大手で管理職経験とはいえ２７歳の管理職のうえ５年程度の勤続ではキャリアには弱く
次が３カ月では経験とも呼べず、分かりやすい資格もなく
トピ主さんが思ってなくてもすぐ妊娠しそうと思われる状態ですから
次も更に年収が下がる覚悟の転職になります。
それでも良ければ転職されたら良いのではないでしょうか。

企業への返金はエージェントの契約次第ですので分かりませんが
無くても、３カ月未満でもう一度探してという人を受けてくれるかどうかというと難しいですよね。
エージェント経由なら薬剤師国保であることが隠されていたとは思えませんし
分かっていたことで退職されるのは皆困るでしょう。
隠されていたのであればそれをエージェントに伝えて再度探してもらうのは有るのかもしれませんが。

転職エージェントに関しては気にしなくていい。多くの場合、エージェント経由で転職した場合、その人の初年度の見込年収の20-30%を、企業はエージェントに成果報酬として支払います。ただし1年以内の退職（本人の意思、試用期間での雇用終了などあるけど、その理由はどうでもいい）だと、その期間に応じて成果報酬を返金します。ただしこんなことは別に珍しいことではないし、気が咎めるなら別のエージェントを使えばいいし、次もお世話になって改めて成果報酬を稼がせてあげるという考え方でも構わない（尊大で横柄な態度は厳禁だけど、改めて支援してほしいというお願いするのはアリです）。

どちらにしてもトピ主は今の会社では働き続けられない。何故なら最優先事項である妊娠に関して、その会社にいる限り妊娠中の生活が成り立たないから。そのことが頭の中でとても大きくなっている以上、仕事に集中できるわけがない。3ヶ月であろうが半年であろうが、さっさと次を探した方がいい。

短期退職も1回であればうまく説明できれば、「まあ納得できるかな」と思ってくれるところはあります。今の会社を短期間で辞めることについては、真っ正直に説明することは馬鹿正直すぎてダメですが、完全な嘘もすぐバレる。そうであれば何かしらの事実に基づき、他人にも受け入れてもらえそうな理由を作るしかない（全ての人に受け入れてもらう必要はないけど、受け入れてもらえる確率が高い内容にしてください）。

ちなみにトピ主のいう「管理職」は世間の定義とは少し違うような気がします。現在に至るまでの経緯からすると盛りすぎ感があります。おそらくチームリーダーくらいだったのでしょう。自分を客観視できないのだとすれば面接では致命的になりがちなので、少し冷静になって再転職活動を頑張ってほしいです。

20代はまだ若いし、大きな可能性があります。素敵な人生を送ってください。