概ね、男性は自分より高学歴の妻は嫌がるとききます。
男性が気にしない、または女性が非常に持ち上げ上手ならうまくいくのかもしれませんが

におわせないで、トピ主さんから逆プロポーズすれば良いのでは？

高学歴女子の悩みですね。
解決はズバリ！トピ主さんからプロポーズしちゃうことです。

学歴差なんか気にしない、あなたが好きなんです！結婚してくださいって伝えてみたら？
プロポーズが男性からなんて決まっていないんだから、イマドキは女性からでも問題ないです。
匂わせてグズグズして歳を重ねてウジウジするより、スパッと切り込んでみたら？
彼が気にするなら、改めて素敵なシチュエーションでプロポーズし直して貰えばいいし、結果がわかっているなら彼も勇気が出るでしょう。（笑）

マンションを買ったときに結婚の話にならなかったのが不思議なんですが、名義は彼なんですか？
共同名義ですか？

もし、トピ主さんが年上ならご家族が気にするとかありそうだけど、なんせ東大卒の才女ですからね。
普通は諸手を挙げて歓迎してくれそうなものですが…
違うのかなぁ？？

マンションはローンじゃなくて一括で彼の支払いでしょうか？マンション買うってなった時に結婚の話やお互いの両親へ挨拶など何もなかったのですか？

後から入社してきたトピ主がサッサと本社勤務になって、能力があっても学歴がないとこうも差が付くのかと見せつけられたのかもしれないですね。仕事ができる人なら尚更、プライド持って築いてきた今の地位や立場を後から入社してきた彼女が学歴を武器に飛び越えて行ったとしたら、なんか立つ瀬がないというか惨めな気持ちと言うか。

＞もっと自信持てばよいのに...

こういう言葉が上から目線なの自覚ないでしょうか？
トピ主さん同棲してて普段からチクチクやっちゃってるかもしれませんよ。
本社での仕事の話とか、本社の上層部の話とか、東大卒だと実績がそれ程なくても関われる仕事があったり、まぁ支社の研究所レベルとはやっぱ違うよねー！とも取れる不用意な事を言ってしまってるかも。給料だってベースからして違いますしね。

彼がどうやったら学歴差を気にせず結婚に前向きになれるかは、彼にしか分からないと思います。
ちょっとしたズレが修復できずに気持ちが離れて行く事ってありますからね。学歴差が気になってるなんてカッコ悪くて言えないだろうし（もっと自信持てばいいとか言われちゃうと更に褪める）、格差っていうのは誰も悪くないので難しいですよ。

結婚におわせるとか、そういう駆け引きはやめましょうよ。男性はそういうの嫌いな人多いです。マンション買って同棲してるんだから、そんな駆け引きわざとらしい。結婚を望む方が正面切って話をした方がいいと思いますよ。

学歴云々はさておき、
シンプルに貴方のほうからプロポーズすればいいのでは？

＞どうやら、彼と私の学歴の違いが気になっているようです。
素朴な疑問ですが、
彼と貴方の　“差”　認識間違っていませんか？　

東大卒の貴方が配置される研究所に高卒男性。
どう考えても他の経歴、能力があってこそですよね。

＞英語の文献も平気で読みますし、海外の学会での発表経験もあるので、
単なる東大卒の貴方と優秀な彼、そもそも釣り合っているのか疑問のトピです。