自分でなんでもやりたい年齢ですよね。
あなたが勝手に開けたんだから、あなたが責任を取って食べれば良かっただけだと思います。

あなたの子どもは、開けた物は食べないから捨ててくれと言ったわけではありません。
食べ物を粗末にしたわけではないのに、何故それが食べ物の大切さを理解していないという論理に結びつくのでしょうか。

第三者から見たら、自分の失敗を誤魔化すためにいきなり食べ物の大切さを持ち出して来たようにしか見えません。
それは食育には繋がらないと思いますが。

皆さんならということなので、もちろん新しいものを出して、こぼさないように気をつけて開けようねと言います。
そして、開けてしまったものは自分が食べるか、何かのトッピングに使います。

せっかくの子どもの自主性を損なわない躾をしてあげてください。

自分の間違いを認めたくなくて「食べ物の大切さ」とけむに巻いて
ごまかしただけですよね？
このケースで屁理屈をこねているのはトピ主さんのような気がします

トピ主さんが開けたからトピ主さんが食べる
「蓋が開いてる方はママが食べて」という息子さんの言うことのほうが理にかなっていると思います

蓋を開けたほうは、ラップして翌日に下の子にあげることもできます
上の子に押し付ける必要はないのでは？
蓋開けたぐらいで悪くなるものでもないでしょう

まぁ、ふたを開けたい、というルーティンから外れると機嫌が悪くなる
子供というのは面倒なのは理解できます
「ふたの有り無しで味が変わるものでもない
食べればいいのに」とおも気持ちは理解できます
うっかりが許されない、融通が利かないと困ることもありますからね

その違いで１5分ぐずぐずと泣く子だということはわかっているのだから
でも機転が利かないのはトピ主さんも同じだし

わたしなら「ああママ間違えちゃった御免」と謝って
ふたつきを渡します

「自分で剥がしたかった」の返答が
「食べ物は大事だよ」になるのは、だいぶ頓珍漢だと思いますが…。
変な躾だと感じました。

食べ物が大事なのは当たり前。
それなら剥がしちゃったヨーグルトはご長男の言うようにトピ主さんが食せば良かったのでは？？？
それか次の日2歳の次男にあげれば良いこと。

ご長男は自分でフタを外したかったんですよね。
15分も泣きわめく面倒くさい事になる前に、新しいヨーグルトを渡します。
トピ主さんのミスをお子さんに意味不明に押し付けてしまった様で可哀相です。

「ヨーグルトのフタ、自分で剥がしたかったよね。ごめんね。間違えて次男くんと同じ様にママが剥がしちゃったから、今日はこれ食べてくれる？」と言ってイヤだと言われたら新しいのあげれば良いのでは？

それか容器からヨーグルトを出してお皿に盛り付けて、バナナとかはちみつとか長男の好きな物をトッピングに加えて、「今日はスペシャルヨーグルトだよ〜」と工夫してみるとか。

それでも食べたくないなら、やっぱり自分で食べます。

渡さないよー！
3歳の女の子がそんな感じで、どこに地雷があるかわからない毎日です。

自分で電気つけたかったー！と泣く日があれば、ママが電気つけてよー！と泣く日もあり。

ヨーグルトの件も良くありますあります。
うちは、「ごめんね。明日開けてね」とまず言って、そこで納得すればそれまで。泣くようなら「じゃあ今日は食べなくて良いよ」で終わりです。
そうするとだいたい「やだー食べるー泣」って感じです。

「食べたいのなら食べることを優先に考えないとね。蓋がどうこうで食べれなかったら意味ないじゃん」って伝えてます。

うちは、泣かないようにするより「切り替え」の早さをメインに躾をしていますよ。

結論を言えば、新しいのを渡します。
それよりも、

〉「蓋が開いてる方はママが食べて」と言われましたが、
〉食べ物の大切さを理解してほしいため、それはしません
〉でした。

ここが意味不明です。開けてしまったものをそのまま捨ててしまえば、食べ物を大切にしない、と言う理屈は成り立つますが、｢ママが食べれば｣無駄にはなりませんよね?

トピ主は自分の主義主張を通す為に、4歳長男さんのプライドと思いやりを傷付けた事を理解しています？
長男も子供ながらに我儘言った事を理解し、反省しているのです。それが「蓋が開いてる方はママが食べて」と言う発言です。
そこには同時に、ママに申し訳ないから一緒に食べて欲しい、と言う｢思いやり｣の気持ちが有ったのです。

其を無視してヨーグルトを冷蔵庫にしまったトピ主の態度に、長男さんはさぞガッカリしたことでしょう。