離婚する予定なら迷わずさっさと行動しましょう。
協議・調停・裁判　方法はいろいろあります。
もし上のお子さんを引き取るおつもりなら、夫と話し合うか調停にかけましょう。
姑の悪知恵がハンパ無いとおっしゃられますが　どの程度なのでしょうか？
悪知恵も何も法的に貴女が親権を取ってしまえば姑になんの権限もありません。
相手が悪知恵を使うと分かってたのに　こっそりとではなく目の前で家出するなんて間抜けなことをしたんじゃないでしょうね？
向こうに行ったまま帰ってこないって　あなたが付き添うとかはしないのでしょうか？
離婚すると決めたなら中途半端なことはしないことです。
離婚関係の本でもなんでも調べてけじめを早くつけてから会わせてあげましょう。
今までの３ヶ月間、何もしないでボーとしてたわけじゃないですよね？

大変な状況ですね。まず上の子を無理矢理にでも連れて帰ることできませんか？下の子も1人で行かせるのではなくてトピ主さんも一緒に行かれた方がいいと思います。それか落ち着くまで、今は会えないと我慢してもらったほうがいいと思います。
半端でないのはどれ程か内容もわかりませんが、子供と2人でじっくりトピ主さんがどれ程愛しているか、かけがえのない存在かとゆうのを話したほうがいいと思います。
専門知識はわかりませんが親権をとったとしても子供がトピ主さんに不信感など持ってたなら義母のところに戻ってしまいそうな気がします。お幾つか存じませんが確か15歳以上は子供の判断でどちらかにつけたんじゃなかったかな？
とりあえずはトピ主さんと上の子の信頼関係を取り戻すのが先決と思いますが・・・
離婚したらご主人義母とは連絡とらず、居場所も教えないほうがいいと思います。子供にとって良い父親でも半端でない義母、マザコン夫と子供を会わせるのは危険かと思います。
トピ主さん、子供を取り戻すこと頑張ってください！決して諦めないでください！お腹を痛めて命がけで産んだ我が子です！負けないで！！