ううーん。私も心当たりがあります。親戚至上主義の新郎親。
彼らの親戚に対する面子というか執念というか、どうしてそんなに盲目的にこだわるのか不思議でなりません。
よく男側をたてて…と聞きますが、なぜ立てられて当然とふんぞり返るのでしょう。女側に対する配慮など頭の隅にもないようです。

さて、会社関係は迷うところですよね。親戚以上に完全に「義理」になってしまうケースもあるので…。
ただ、今回は社内結婚とのこと。二人共、過去もこれからもお世話になるのだと考えると、招待した方が「不義理」ととられないような気もします。小規模でアットホームな企業ならなおさら。
先輩達の前例も参考にされてはどうでしょう。

会費制は…私もよくわからないのですが、慣れてらっしゃらない方には結局ご祝儀の心配もさせてしまうという話を聞いた事があります。
土地柄にもよるでしょうが、保守的な上司がおられるならオーソドックスな方がいいかも？

結局のところ、対面を気にする方に、気にしない方が合わせるしかないようでもあります。
今の不便より明日の便利をとることにして、乗り越えて行ってくださいね。

以下は私の考え方です、参考までに。

・披露宴は誰のため？
→「私たち結婚しました」と報告して回るのを略する為に披露宴があると思うので、結婚を知らせたい人のため。でも「おもてなし」をする側になるから、最大限出席者のことを考える。

・会社関係の事後報告は有り？
→例えば、上司だけ披露宴に呼んで、他の同僚は事後報告ってのもアリかも

・保守的な上司に対し会費制は失礼？
→ベタはお嫌いということなんだけど、やはり呼ばれる方としてはベタな方が対応しやすい、ということはありますね。（地域性もあるけどね）

・迷惑だった結婚式事例
→自分は、幸い迷惑だったことはないけど、社内結婚だからといって会社の定休日（平日）に披露宴をした人がいるという話を聞いて、親戚は迷惑だったろうな、と思いました。

折角の船出の日ですから、みんなが満足できる日になるといいですね。

本人、親、（親戚）以外は
けっこう披露宴なんてどうでもいいと思ってるんじゃないでしょうか？？
挨拶周りだけです、といわれれば私はラッキ～～と思いますが。

会社関係のみのコメント：

休日は会社関係の行事はカンベン。
同僚の慶事は、ご祝儀、プレゼントまたはカードで済ませたい。