私の地方では、結納がすんでから式までに　お祝いを持って自宅に伺います。無理な時には式場にお祝いを持っていきます。
　ですから御祝いを贈ってから式に出ることに何ら違和感はありません。

ただ　式に出席なら３万円、出ないなら少額でと考えて少額を渡したことが引っ掛かっているなら　あなたが考える不足分を現金書留で自宅に送り、ご招待下さるとは知らず、以前お渡ししたお品では失礼と思い本日お送りいたしました、どうぞご笑納ください、と手紙を添えてはいかがでしょうか？

式場にお祝いを持って行った場合、一言添えるのはむずかしいですから。

ただ、その日はどうしても抜けられない予定が既に入っていてキャンセルできない、とお断りしてもよいとは思いますが・・・

会社で親しい人と好きな人は微妙に異なるように思います。
おそらくトピ主さんは人に好かれる感じのよい方で、式に招待した先輩はトピ主さんに好意を持っているのではないでしょうか？
既にお祝いを贈ってあるのならば無理に３万円包むことはないし、まだ式まで日数があるのならば、披露宴の出席を断ることも出来ると思います。

二重にお祝いすることになるのが引っかかっているの？

ならば、

「みんなでお祝いの品を送っています」とは、職場などのグループの人達でお金を出し合ったお祝いですね。

個々人のお祝いは、別に考えれば如何でしょうか。
一部重複しちゃいますが、よくあることだと思います。
例えば、会社の互助会や社員会などからの祝い金があります。
原費は、みんなの会費ですから。
グループ一同からと個人からは、別だと思えば良いんじゃないかしら。
だって、個人で招かれたのだから、特別じゃん。

お付合いの重みの認識が違うと言うことならば、
数合わせだと思うと後ろ向きだから、、、

披露宴って、何時も失敗談や可笑しな話しを聴きますよね。
今回も何かが起こることを期待したらどうでしょうか。

お祝いの品をあげているのですから、ご友人と連名で5万でいいと思いますよ。私の披露宴のときは、あらかじめ品物が送られてきて、当日は夫婦で3万円という方がいました。
私はトピ主さまお一人で2万でもいいと思いました。
お祝い品と3万だったら私なら恐縮してしまいます。