妹が北海道で会費制の披露宴した時、会費とご祝儀を渡しましたよ。
妹は、身内から会費取りたくないと言ってましたが、受付ではフツーに受け取って貰えました（笑）

ただ、４歳の子供に会費ってのもどーかと思うので、ご両親か妹さんにサラリと聞いてみては？お子さんの分は要らないんじゃないかな。

私は会費制の結婚式に出席したことがないのですが、
私なら、お祝いに十万円を予定しているのであれば、
結婚式の会費を含めて10万円にします。

会費が39000円なら、切りのいい所で現金5万円を別で包みます。

139000円のご祝儀っておかしいでしょう？
あなたはそのご祝儀を当日渡そうとお考えですか？
会費は人数分きちんと当日に渡す物だと思いますし、姉夫婦としてのお祝いは別で（前もって）渡せばいいのでは？
金額は気持ちの問題ですが、別で100000円のお祝いはかなりの出費になりますよね？
現金を50000円にして、何か新生活に役立ちそうな物や妹さん好みの物をあげても良いのではないでしょうか？

会費は会費で39,000円を支払い、それとは別にご祝儀袋に5万か7万円を包むのがスマートだと思います。

ただ、4歳の子供でも13,000円なのですか？
4歳なら大人とは別の食事を用意すると思うので、子供会費か会費なしが普通かと思います。（私は会費なしにしました。）

会費は祝賀会会場の受付で払います。（ご祝儀袋には入れません。）
ご祝儀については、特に自分の家族の場合は披露宴当日に持参するのではなく
前もって渡すのが一般的だと思いますが。

ちなみに会費というのは自分の飲食分ですから、それををご祝儀から差し引くというのは…

意見は出ていますが、別々に包むのが私も良いと思います。

＞139000円なのか100000万円なのか。

後者は、よほど生活に余裕のある方でないと難しいと思います。
お祝いの気持ちは素晴らしいことですが、ご自分の経済事情も考えた方がよいかと思います。

会費制の場合は別途御祝儀はいらないっていうのが一般的です。
もちろん気持ちでお祝いを差し上げたり・・・って事もありですが、御祝儀制＝会費制なので別に追加であげなくてもＯＫです。

ただ身内の場合はさすがに会費だけって言うよりは、別途何か差し上げる事の方が一般的だとは思います。

本来御祝儀制であれば10万円をあげるつもりだってことなら、会費込みとして10万円で良いのでは？

会費は当日支払うので10万―3万9千円＝6万１千円なので御祝儀は5万の現金と品物にします。
ただ4歳の子の会費って同額掛かるの？って感じなので、会費が小額なら7万円を御祝儀として差し上げます。

私ならまず自分の時に頂いた金額と同程度になるようにすると思います。その上で金額に応じて上記に書いたような方法で差し上げます。貰ってた金額が会費以下と言うのであれば、何か品物だけは贈るかも。

予算10万円と決まっているのであれば、会費込みで10万円で良いと思いますよ。

私も北海道の知人が多いので会費制もチラっと検討しましたけど、その場合には親族から会費を徴収しようとは思ってもみませんでした。

また姉妹であれば受付を通さなくても問題ないと思うのですが。
友人だって前もって郵送していれば受付では芳名帳に記入するだけですよね。
あくまでも私の個人的な感覚ですが、姉妹なら前もって１０万円を渡し、あとは本人に割り振ってもらうのがスマートかな、と思います。

まぁ、会費制にしろ招待制にしろ、ご祝儀関係は地域ルール・親族ルールがあるので思いきってご両親に相談するのが一番だと思いますよ。

少し勘違いがあったようで、ごめんなさい。

当日受付で会費と一緒にご祝儀を渡す人は、当日にしか会えない人達です。
友人・親戚でも結婚の知らせを聞いてから、大安や先勝の日にご祝儀を持って来られるものですし、ましてや姉妹の場合なら、よほど遠方に住まわれてる場合を除いては前もって渡すものだと思いますよ。