招待客にこういった気遣いをさせないように、交通費は式の帰り際に渡すものだと思うのですが…親しいお友達に交通費の心配はさせないようにと、先方が気を遣われた結果なのかもしれませんね。
お友達としてご祝儀3万円はしごくまっとうだと思いますよ。
式や披露宴はご祝儀でまかなうものではありませんので、招待する側の費用面はこの際気になさらなくて良いです。
主催側としてかかる費用は、披露宴や引き出物のほかに、こういった交通費や、当日お世話になる人に渡す「こころづけ」といったものもあります。
お友達に渡すお車代も、いわば主催側からの「ご祝儀」ですのでありがたく頂戴して、今度こちらがお招きする際の参考とすれば十分だと思います。

交通費（＋宿泊費）を合わせても２万で充分収まるのでしたらご祝儀ＵＰもあると思いますが、
収まっていないorちょうどくらいですよね？ご祝儀の額は３万でいいと思いますよ。

ご友人はそれでも来てほしいからトピさんを招待したのです。
どうしても．．．と思われるのでしたら、プレゼントなどを別にされては？

私も大学が遠くだったため、結婚式には遠方からたくさん招待しました。
お車代、というものは来て頂く為の交通費を全額もしくは一部負担しますというものです。
私はその分を上乗せして欲しいとも思いませんでしたし、友人たちも世間一般的に常識的（３万円）なご祝儀でした。
全部でお車代・宿泊費で５０万円ほどかかりましたが、そもそも「お車代がもったいない」なんて思う人は招待していないので、全く！気にしてません。
むしろ交通費全額負担できなかったことを申し訳ないなと思うくらいで。
手間と時間をかけてわざわざ来てくれた友人たちに、今でも感謝の気持ちで一杯です。

ご祝儀とお車代には何の関係もないと思います。
それでも気になるようであれば遠方ということなので地元のお土産などを差し上げては？（荷物にならないようなものを）

結論から言うと、ご祝儀の金額はそれでいいかと思います。
（他に増額のレスがあれば比較検討なさって下さい）

心遣いのできるご友人に対して、それでは申し訳ないと
お思いであれば、端数を足されては如何でしょうか？

新札で千・２千円札数枚とか５千円札とか。
確かマナー違反ではなかったと思います。

招待する側の配慮として、

1　お車代を先渡しする（当日渡しとか）

2　前日や当日の宿を手配、費用を負担

など、ありますが、

基本お祝いに来て頂き、もてなすのが招待側なので
あまり神経質にならず、記載の金額でも
失礼にはならないと思います。

ちなみに私が、当日車代を渡した友人は（飛行機使用）
ご祝儀１万でしたが、彼女は次の日に、大きな花束を
送ってきました。（それこそ車代を全部使ったであろう）
（先に渡せば、こんな気を使わせずに済んだと後悔しました）

私としては、ご祝儀がいくらでも遠方なので、
負担をかけたくなかった為、あえて当日渡したのですが。

あと、車代を一切用意せず、結婚式儲かるわと
発言した人とは絶縁しました。

昨秋息子の結婚式と披露宴を開催した父親です。

車代は、新郎新婦より「格上」の方を招待する場合に出し、同等か以下は出さなくて良い、と聞きました。格上の方には来ていただき、格下は招待してやることでしょうか。私たちは息子の叔父と叔母（我々の兄弟とその配偶者）には、私たちから交通費を切り上げた縁起の良い額を渡しました。息子夫婦の上司へは彼らが交通費と日当程度を渡したはずです。

トピ主さんの場合は、遠方からわざわざお越し願ったので、花嫁（と仮定）がお礼の気持ちも込めて車代を出したのでしょう。言うまでもなく、駆けつければそれでいいのではなく、式にふさわしい服装と髪のセット、近くの出席者よりも長い時間をつぶされたわけです。思いがけなくいただいたと言うことは、それだけ花嫁の出席を願い、出席を感謝する気持ちが大きいことになります。

素直に受け取って感謝の気持ちを何かで表せばそれでいいと思います。しかし招待者によるので、次の結婚式で車代が出ると期待されるのはよくありません。以前、最初から車代を期待する皮算用のトピが立ち、相当たたかれてました。

ご友人との良好な関係を長く続けれますように。