男性に見られるなんて嫌ですよね。

でも、社員５０人以上の会社では、健診結果を集計して労働基準監督署に報告する義務があります。
ですから、健診結果を見るのは、総務の男性の仕事なんです。

それに、生理中で尿検査に異常が出る女性は多いですよ。あなただけではありませんので、気にせずに提出しましょう！

（蛇足ですが、労働基準監督署には、肥満の人数も報告するので、身長、体重を隠した健診結果表でOKとしているのは、いただけませんね。きっと、肥満０人とでも虚偽の報告をしているのでしょう。労基署には、結果表そのものは提出せず、会社全体での数字のみ報告すれば良いので、そうしているのでしょうね。でも、監査が入った場合は、書類の不備と虚偽の報告で指導勧告されますので、ご用心を。まじめな担当者なら、今後、身長、体重も隠さずにコピーするよう社員に求めるでしょう。）

労働安全衛生法および労働安全衛生規則では，
会社側は従業員の健康診断の結果を5年間保存する必要があります．
また，健康診断の結果に基づいて，
従業員の健康管理や適切な従業員の就業内容について措置を講ずる必要があります．

ところで，ご質問についてですが，
会社は従業員の健康管理をする必要があるので，
医師の所見である総合判定を隠す行為は，好ましい対応とは言えないでしょう．
残念ですが，健康診断の結果はどこも隠さずにそのまま提出することをおすすめします．

「暗黙の了解」になっていた項目についても
隠すのは好ましくないと思われます．身長については，医師の判断に基づいて省略可能ですが，
実施したのであれば同様に隠さないほうがよいように思います．

なお，従業員の健康診断の結果は個人情報に該当するため，
その取り扱いについては会社の規模によらず慎重に行われなければならないでしょう．