宿泊先の旅館なりホテルなりに苦情を言うべきだったのでは？　会社の人であろうと誰であろうと覗きは犯罪です。私だったら上司にも言いますよ。見られて減るものではありませんが　気持ち悪いじゃないですか。毅然とした態度をとりましょう！！

何か会社内の人間がやったと思われる根拠とかがおありなのでしょうか？
ただただ自分たちが覗かれたのだから覗いたのは会社の人間のはず
と言うのであれば男としては不愉快です
だからと言って同期が決めつけて騒ぐのは止められないでしょうから
騒ぐ時協力を求められても断る
周囲にもそんな事されて迷惑だと思ってる事を伝える
こうしておけばトピ主さんに問題おこる事はないと思いますよ
覗かれた事が周囲に知られても、それをどうこう言う人も居ないんじゃないですか

私は男ですが、以前カップル同士4組で温泉に行ったのですが
その時に女湯を覗いている不届き者がいまして、すぐさま捕まえ
厳重に注意しました。（彼女が見られたのですから皆の怒りは凄まじかったです）

と、いうように温泉旅館では酔っ払った男が理性を捨て
女性を覗こうとする輩がいる事は事実です。
その同僚の方の怒りはもっともだし、犯人が分かっていれば
厳しく注意するべきだと思います。

しかし、今回は「窓が開いていた」という事実しかないのですよね？
そして宿を貸切で使っていた訳でもない・・・
第三者の可能性もある訳です。
社内回覧を回して、注意を促す事は「アリ」だとは思います。
しかし無実の男性からすると「自意識過剰」と取られる可能性は
否定できません。文面にもよるでしょうけど。

どうしても回覧を回すというなら
完全匿名で（女性3名の会社なら意味無いですが）被害の事実を
ぼかして、以後の注意を喚起する。という文面にしてもらう事が
良いのかな？と思います。
男性寄りの意見かもしれませんが
女性の同僚から疑いの眼差しを受けるのは男性も辛いと思いますから。

ほかに宿泊客はいなかったのですか？

開いていたという窓はどんな位置にあったのですか？
宿泊客じゃなくても外部からだれかが…という可能性は？

なぜ、同僚の方は社内の人と決めてかかっているのでしょうか？

「わたしたち覗かれました」といってるみたいで恥ずかしいからやめて、と言えばいいと思うのですが？

そんなことも言えないような力関係があなたたち３人の間にあるというのですか？