えー？文章を読んだ限り、ぜんぜん普通だと思いますよ。
上司は
「まだ終わってません。あと○○が残っています」
とでも答えれば納得したのでしょうか？
屁理屈以外の何でもありませんよね。
私がトピ主さんの同僚だったら、聞こえよがしに
「何今の？頭おかしーんじゃない！感じ悪っっ」と言ってやりたいです。

普段からおかしな言動が多い上司なのでしょうか？迷惑ですね。

＞これって私の返事の仕方が悪かったのでしょうか？

はい、間違ってます。
「終わったかどうか」の質問の内容に「途中経過」の返答をされてるからです。

怒鳴ると書いてますがそれはあなたの捉えであって会社では「注意される」「叱られる」と言います。

ただ上司の機嫌も悪かったのかもしれませんね。

ですがあなたの文章を読む限りでは上司のやりとりにおいて関係ない無駄な文章が多すぎます。

もしかしたら普段から的確なやりとりが出来てないのかもしれません、注意してみましょう。

夫の会社で働いてる社員もそういう人がいます。
夫が「頼んだ仕事終わったか？」の問いに
「あと、○○だけです」

それって、要するに終わってないんですよね。。。
夫からすると「言い訳」に聞こえるみたいです。

簡潔にyes or noで答えてみてください。

トピ主さんは言い訳したのではなくて、仕事の進捗状況を報告しただけですよね？
単に「まだ終わっていない」と言うより、トピ主さんのように具体的に説明したほうが、分かりやすくていいと思うのですが…。

その上司がたまたま虫の居所が悪かったのか、もしくは普段からそういう性格だったのか、そのどちらかだと思います。
よってトピ主さんには全然非はないと思います。

「間違ってたのか」ということに関しては、「間違っていた」ということになるでしょう。
その上司の人の言う通り、聞かれたことに直接答えないと、話が長くなるからです。

電話で確認しているときなんかは、けっこう急いでるときも多く、必要なことだけ確認したいのに、聞いてることに的確に答えてもらえないと、話が回りくどくなってしまって困るのです。
他にも考えていることがあるので、気を回さないと理解できないような答えも困ります。

ただ、言い訳云々の怒り方は、怒られるほうは感じがよくないですよね。
上司の人はよっぽど時間がなかったんだと思って、あきらめましょう。

理解力が著しく乏しい人が
逆ぎれすること最近多いですよ。
トピ主さんは悪くないと思います
むしろ、災難でしたね。

その上司には警戒たほうが
良いかもしれませんが、
トピ主さんが気に病まれる必要は全くないと
思います。

それにしても・・・
急に怒る人って時々いますよね。
どういう思考回路でそうなるのだろう。

そういうこという部下がいます。

本人が○時までに終わらせると言っていたのに、その時間を過ぎてもまだやってる。
「終わったの？」と聞くと、
「△△（途中）までは終わりました。」
と答えるんです。

言葉だけは「終わった」と言っているけど、実際はできてないことをごまかしているだけ。上司はそんな心理くらい見通しています。

大声を出すのがいいか悪いかは、会社の雰囲気などもあるでしょうから外部から断じはしませんが、今後はトピ主さんも返答の仕方を工夫してみましょう。
お互い不愉快になってもつまらないですよ。

もっと仕事の優先順位を考えましょう。
空いている時間でいいからって言われたことでも、
最長でいつまでに仕上がればいいか聞きましょう。

うわー、私は逆で
「頼んだの終わった？」と聞かれたので「終わってません」とのみ即答したら
「終わってませんだけじゃなくて！！仕事はホウレンソウでしょう？どの位終わってて後どの位かかるとか！そういう態度は・・・」って延々お説教＆嫌味言われましたよ。
まあ嫌いな上司だったんで態度が悪かったのは事実ですが・・・。

どんな返事をしても怒る上司なんじゃないですかねぇ？

『あと○○だけです』の言葉には、○○と○○は終わってます、あとこれだけですっていう意味が含まれていますよね。ほとんど終わってるって意味にとっていいと思いますがねぇ。

私の上司もそういうタイプで、『いつ帰社する？』との問いに『今、何町ですから～、あと○○と○○に寄りますから１時間後くらいですね』と答える営業さん（男）に対していつも切れています。（笑）

私（女）は愛想がないので同じ質問をされると、余裕を見て『○時です』と答え、その時間までには絶対に帰る努力をするタイプです。

今の直属の上司には気に入られていますが、その上の上司には嫌われています。上の上司は、さっき書いた営業さんの方が愛想があってかわいくうつるみたいですよ～。
上司もそれぞれですね。

今度からは単刀直入をこころがけるといいのではないですか？そうやって怒ってくれる上司のほうが対処の仕方がわかっていいですよ～。