ファミレスやデパートのお好み食堂のようなところが一番いいのではないでしょうか？

13時を過ぎてもランチを取っている会社員は多いので、周りよりもトピ主さんのほうがお子さんのことをお気になさるかもしれません。

の１２時から１時は一番客がおおいので、できれば１時半とかがいいと思います。　東京駅の地下は今たくさんレストランがあって歩いていれば座れるところもあると思いますが、できれば事前に調べておいて、予約をいれておくのがよいと思います。　価格設定が１０００円以下とかだとやはり客がおおいけれど、ちょっと高級ランチだとおそらくゆっくり食べれますよ。

お子様がいらっしゃるようですが、ぐずって大きな声で鳴いたりなかったら全然問題ないですし、泣いちゃったら少しお母様が外に出たら問題ないとおもいます。　大手町だとオアゾ内にあるイタリアンが結構おいしかったです。東京駅のキッチンストリートとかだとたくさんあるレストランの中からえらべますよね。　　

韓国料理屋さんというか、焼肉屋さんです。
でも丸ビルの中ですし、雰囲気は悪くないですよ。

ボックス席のようになっているので、普通のカフェよりもずっと広いですよ。
子供さんも隣に置いておけるかもしれません。

ランチならビビンバが1000円位だったと思います。

東京駅、目の前の
丸ビルにしなさい。

好みも判らない赤の他人にお勧めするほど無神経でないので、トピ主さんが楽しみながら探せるホームページを紹介します

八重洲北口 みんなおいしいレストラン＆ショップ
http://www.minna-oishii.jp/area/

東京駅や大手町はビジネス街ですから基本的に健康な働く人の為の場所です。
従ってハンディキャップがある方、高齢者、子供に優しいいお店はありませんし、周囲に迷惑です。

子供を連れて行くのは無理と言うレスはしないでというトピ主さんの『連れて行くのが当然』と言う態度ではトラブルが起きると思います。

場所を買えて新宿まで移動することをお勧めします。

大手町＆東京といえばビジネス街。
なかでも１３時といえば混むのは必至！
安くてそこそこのお店は行列です。

ということで、お金で解決しましょう。
おすすめは丸ビルの高層階。
5、6階のお手ごろお店は混みますが、35階の高級レストラン街はまあまあ空いてますし、ゆったりしていてランチタイムの殺伐感もないので赤ちゃんにもよいのでは？

ちょっとしか会えない友人と東京駅の近くで！と言う時によく利用します。

ランチにして5,000円とかおいおい、という値段設定のお店もありますが、たまにの贅沢ですし、内容も値段以上の満足感！

中には3,000円くらいのお店もあるんじゃないでしょうか？

八重洲口の地下にマクドナルドがあります。そこならなんとか大丈夫なのでは。と言うのも１１：３０～１４：００のこの周辺の飲食店はもの凄く回転が激しいのです。少しでも美味しくてリーズナブル価格な店は行列ができ、雰囲気的に着席してから居れるのは４０分がマックスです（注文する時間含む）。またお昼だけが楽しみというカリカリした営業マンにお子さんがなじられる可能性もあります（不況で心にゆとりが無くなってるんですよね）。
１４：００過ぎなら少し落ち着くので比較的どこでもゆっくりできると思いますよ。お子さん連れなら東京海上ビルの地下なら落ち着いていていいと思いますよ。オアゾや丸ビルは少し厳しいかもしれません。

デパート内のレストランなら赤ちゃん連れでもOKなんじゃないでしょうか？
新幹線に乗る前の短い時間なら、効率もいいと思いますが。

「個室　レストラン　大手町　ランチ」等で検索してみると結構あるようですよ。予算もおありとは思いますが探してみたらいかがですか。