＞新郎６割、新婦４割

これだけの情報じゃねぇ…。
そもそも人数比や新婦のドレス代とか、お車料とか、
色々あると思います。
それら関係なく、とにかくかかった費用をすべて6:4で割ったのならば、いただいたお祝いも6:4で分けたかったのかもね。

男が多く出すべきとか、そんなルールはこのご時世もはや通用しません。
ご家庭同士のルールをぶつけ、妥協点を見出すしかないでしょ。

私の時は基本的にゲストの人数割りで結婚費用をお互いで負担しました。招待客は新郎側が多かったのですが、レンタルドレスや着付け、ブーケなど、新婦だけが使うものは新婦側（私側）でお金を負担しました。費用のほとんどはご祝儀でまかなえるだろうとあらかじめ予想は立てていました。足りなかった分はお互いの貯金から出しました。両家の親からは基本的には出してもらっていません。なので、新郎のご祝儀は新郎が、新婦のご祝儀は新婦が使いました。でも、両家の両親には夫と私でそれぞれの親に、結婚費用がいくらかかって、ご祝儀がいくらだったと、お車代やゲストの宿泊費まで事細かに説明しました。義両親は、結婚費用やご祝儀額を見て『息子の結婚式はこんなに盛大で、ご祝儀もこんなに頂いたんだ』というのを金額で確認したかったみたいです。でもトビ主さんの義母さんが言う、ご祝儀を持って帰ったのが納得いかないって言うのはどういうことですかねぇ？ただ単に金額が知りたいだけなのか、ご祝儀は全て夫側のものだと言っているのか、、ご主人を通して聞いてみるのが一番ですよ。

ご祝儀は両家それぞれにいただくもの、というトピ主さんの認識は正しいと思います。

私も義父からの提案(そういうものと決まってると断言)で披露宴費用を６：４にしたクチですが、ご祝儀についてなんて何も聞かれませんでした。
ちなみに夫側は親が全額負担・ご祝儀も親へ、私側は私が全額負担・ご祝儀も私がいただきました。

ご祝儀って職場や友人からは２万か３万ですが、親戚からだと５万・７万・１０万と幅がありますよね？
妻側の親戚の財力を知っておきたいという気持ちがあるのかも…。
単に披露宴の全体像を把握しておきたいのなら「大体いくらくらいみたいです。」と報告してもいいと思いますが、他の方が仰るようにご祝儀も６：４で分けようという考えなら抵抗ありますね。
どういう経緯で６：４と決まったのかわかりませんが、新郎側・新婦側それぞれかかった費用をきっちり計算するかまるっきり折半にするかして精算し直した方がよさそうな気がします。