疲れると痛くなるとのことなので、歯周ポケットが原因というよりは、顎関節症による痛みなのではと思います。
数年前、私は、左側の奥歯（顎の骨の付け根辺り）が急に痛み出し、歯科へ行ったことがあります。
レントゲンを撮っても虫歯は無く、その時に「歯科医なので詳しいことは分からないが、虫歯でもないのに奥歯が痛むのなら、（痛みを感じる箇所が）顎の骨の付け根でもあるので、顎関節症の可能性がある」という様なことを言われました。
ストレスから顎関節症になる人もいる、と言われ、育休から職場復帰したばかりで育児と仕事の両立に慣れず慌ただしい時期だったので、疲れてるのかも、と納得しました。
病院へ行くにも何科へ行けばよいのか分からず、口を開くのも辛いという程でもなかったので、市販の頭痛薬（鎮痛剤）を服用しました。
一度痛くなると、クセになる様で、今でも時々痛くなります。
また、私は疲れが溜まると、耳が痛くなることもあるので、疲れが溜まったサインが出始めたら、睡眠を多めに（長めに）取るようにしたり、体を動かして発散したり、耳～首～肩をマッサージしたり、その時その時で自分なりのリラックス法を行っています。

新しい治療法ですが、私も最近試しました。
私は口内環境が悪いらしく、虫歯はできないけれど、歯石がたまりやすい体質で、歯周病にずっと悩んできました。風邪を引いたり疲れたりすると歯茎が痛かったり腫れたりしていました。雑誌で「歯周内科」的治療法というのを見て、早速受信してみました。

具体的には、１．口の中の細菌を調べる（カンジダ菌など）、２．ジスロマックという抗生物質を３日飲む、３．１週間後から歯石を取っていく。
顕微鏡映像を見せてもらえますが、薬服用後は悪玉菌が活発に動いていた状態から菌が激減します。歯茎も締まり出血もなくなります。
つまり口内環境が劇的に変わります。

「歯科、ジスロマック」などで検索して、最寄の歯科医を探し、検査だけでも受けてみてはいかがでしょう。もちろん治療後はしっかりと歯磨きをして定期的に歯石を取るなどのメンテナンスは必要です。

私の場合、親不知が歯茎の中に真横に埋もれていたため、口腔外科で全身麻酔で処置しました。大人になってから親不知を抜くとその後が直り難いそうです。そんなことは抜く前に言ってほしかったのですが、ポケットが時として深くなるのでよく歯医者には相談しています。ただトピ主さんほど悪化した経験はありません。

ポケットが深いだけのときは、歯医者で抗生物質の粒をポケットに入れて様子を見ます。もし痛みが出たらまた口腔外科のお世話になるでしょう。引越しで歯医者も変えましたが今度のお医者さんも別件でしたが口腔外科に紹介してくれました。

歯周病で歯科大に通ってます。

歯に問題は無さそうだけど痛くて膿んでるっぽいし、
疲れてる時は特に酷い場所があって、
最初は消毒して貰ったりしてました。

それでも痛いと言ったら改めて診てくれて、
歯周ポケットの深くなった奥の所に歯石がついて腫れてた、
という事でクリーニングして貰いました。
深い所だと自分で取るのは無理だそうです。

暫くは良かったけどまた少し腫れてきてちょっと痛いので、
音波歯ブラシを買ってそこを念入りに磨きました。
数日で結構腫れもひいて痛くなくなりました。

音波歯ブラシのお陰かどうかは不明ですが、
歯はびっくりするくらいつるつるになります。

参考までに、歯石を落とすには音波歯ブラシの方がいいそうですが、
歯周病にいいのは超音波歯ブラシで口内炎も治る程だそうです。