京都市在住ですので参考にならないかもしれませんが・・
都の認証がよくわかりませんが、こちらでは認可保育園と無認可保育園では保育の質にものすごく差があります。
認可園は、広い園庭、沢山の保育士さん、園の手作り給食とおやつがあたりまえですが
無認可園は、園庭なし、保育士さんが少ない、給食は外注かお弁当という感じでしょうか。
認可園にはかなりの税金が投入されているので、そうなるのだと思います。
あと東京の無認可園ってつぶれたりしないんですか？
うちの子供が赤ちゃんのときちょっと行っていた無認可園はつぶれてしまいました。

無認可園の内容を確認されたのでしょうか？ 必ず預ける前にはどちらにも見学に行かれた方がいいですよ。
無認可はただ預かるだけの所も多いように聞きます。
我が子供が通っていた認可園は一歳児は三人に一人先生がついており、行事も多く、雰囲気も良くて安心して預けられました。

送り迎えの時間が短いのは大変魅力的ですが、どうしても長時間預けるのですから、園の内容を重視された方が得策かと。

認可、無認可のメリット、デメリットはその園の特長などわからないので何とも言えませんが、「家から自転車５分」の保育園をお勧めします。
車で行こうと思っているなら別ですが、保育園は荷物が大量にあるし、子供は思ったように動かないし、雨の日など大変です。とにかく保育園は近い方が便利。

それにまだ考えられないかもしれませんが、２人目が産まれて両方保育園に連れて行くことも想定しておいた方がいいですよ。
私は保育園の近くに引っ越して（徒歩３分くらい）、２人目を産もうという気になりました。

通勤時間を気にされているようですが、都内勤務なら通勤１時間以上のＷＭも結構いますよ。車内でその日の仕事の段取りなども考えられますし、座れるなら睡眠時間も確保できる、ＯＮＯＦＦの切り替えがしやすいかと思います。時短が使えるならお迎え時間も大丈夫でしょう。
また、お子さんが発熱の時も、保育園側は保護者の通勤時間を考慮して早めに連絡してくるし、１時間以上かかっても待ってくれます。

何より育休明けは自分も子供も劇的に環境が変わるし、引越しで家の環境まで変わるとさらに大変じゃないかと思うのですが…。

よって、無認可推奨。
無認可って、例えば園庭が一人当たり〇平方メートルに満たない（都内は地価が高い。）という些細なのから、園長に思想があって厚労省の方針には従えないというのまで色々だから、そこだけは確認しといた方がいい。
なお、子供にとっては早く迎えに来て貰えるほうが幸せだと思う。
うちの４歳保育園児が早く迎えに来てほしいと言ってるので、間違いない。

こんにちは。23区在住で、2歳の子どもを認証園に通わせてフルタイム勤務しています。

「できるだけお迎えは早く行ってあげたい」ということが最優先なら
認証でしょうね。
また、通勤時間が短いのはやはり毎日の生活が楽ですよ。
私は自転車5分の認証＋通勤時間40分というクチですが、やはり通勤時間が短いので朝が楽です。
そのため、時短を使わずフルで（時には残業も）勤務できています。

ということで私のおすすめは認証のほうなのですが、気になることがあります。
　・自転車13分の道のりは長いです。悪天候の日はどうしますか？
　バスの便など、代替交通手段はありますか？
　・園の設備
　　子どもの園は認証ですが給食やおやつはすべて手作り、保育士さんも多い（基準より多い）ですが、すべての認証がそうかは疑問です。ぜひ見学されて決められることをお勧めします。（ただ、都認証はいくつかまわりましたが、どこも設備はよく、保育士さんたちも熱心です。所謂「無認可」という悪いイメージはみじんもありませんよ）

私も実は今の園以外に気になるところがあった（入園可）のですが、
やはりいちばん近いところに落ち着きました。