トピ主さんの場合は「命を脅かされる」という状況ですから、今すぐ本当の事を言えば、上司だって（確かに業務上は迷惑でしょうけど）感情的には許してくれるでしょう。

理由としては、「夫に仕事を辞める事を知られるとシェルターに行くまでに何かされる可能性があるとシェルターの職員の方に言われたので、退職の申し出が遅れてしまいました」が難はないと思います。

しかし、もし本当の事を言えないで急に退職するってなると、良い感情は持たれないでしょうね。
それも仕方ない事です。

とにかく一刻も早く退職は申し出る事です。
今なら９月半ばの退職にはまだ時期的には許されるのではないかと思います。

ご家庭が大変なのはわかりますが、よくわかりません。
総務には退職を伝えてあるのか？
上司(と部署の人達？)にだけ言えてないということなのか？
総務にも誰にも何にも言えてないなら、いくら大変な状況でも非常識過ぎます。
黙ってとんずらするつもりですか？
上はわかっていて、直属の上司にだけなら、上司もびっくりするでしょうし、困るし悲しいでしょうね。
頭の中はご主人から逃げることで一杯かもしれませんが、社会人としてけじめと挨拶はきちんとしましょう。

いいよいいよ。トピ文に書いたこと、そのまま言っちゃえ。会社には退社を何日前までに言わないとダメっていう決まりがあるけど、気にすることないです。有休があるなら、明日からでも消化。無理なら欠勤でも良いよ。非常識とか気にする必要ないよ。

非常時には人命第一。これ鉄則。会社に迷惑かかるけど、主様の命が一番大事さ。私が同僚ならびっくりするけど、仕事は大変になるけど、こう言うね。

逃げろ！今度こそ幸せになるんだよ。って。

私も仕事辞めてシェルター行きましたよ。
退職はひとつきまえに体調不良で上司に告げて最後の月は有給消化しました。退職の手続きは前もって進めて退職届も書いてからの有給消化で休んでました。違う部署に夫の身内がいたので退職の挨拶はシェルターに入る前日に菓子折り持って自分の部署のみ。
肩身が狭くなる?関係ないない。だってその土地を捨てるんですよね？もう会わないし住まないんだから。
もうシェルターに逃げ出した人は世間からまともに取り扱ってもらえないですよ。優しくしてもらえるのは最初だけ。逃げた先でも逃げ出したまともじゃない女と罵声を浴びるのは必須の人生よ何年たっても世間は甘くないです。
プライド一切を捨てる覚悟がないとね。

通例で言えば、今から会社に言っても有給消化で実際の退職日を１ヶ月後にすれば問題ありません。最悪明日から急に休んで退職日さえ一ヶ月後ならよいのです。
急に社員がいなくなると混乱はしますがなんとでもなります。
例えば病気で休職する社員が「ちょっとうつ病で・・・でも皆さんに迷惑かかるし、１ヶ月後から休職します」って有りうると思いますか？それと同じです。どんなに迷惑だろうと致し方ない。

ただし、自分のワガママで退職するんですからギリギリまで働いていたい、というのは勝手がすぎるでしょう。
退職が決まってしまえば会社は引き継ぎさえされれば後は用済みです。その後残っていても引き継ぎされた相手が、引き継ぎ内容について確認できるくらいのメリットしかありません。すべきことは速やかに業務を引き継いで会社を去る事です。
肩身の狭い思い？そりゃするでしょう。じゃあ家を出るの延期します？それでトピ主と会社双方どんなメリットがあるというのですか？

優先順位としては、夫から逃げ切ることが第一ですよね。
トピ主さんがシェルター行きを計画していることを知っている人は、一人でも少ないほうがよいのでは？
どこからどう情報が漏れるか分かりませんよ。
DVは犯罪なのに、まだまだちょっと派手な夫婦喧嘩ぐらいの認識の輩も多いですから、
「ここはひと肌脱いでやるか」と勘違いしたおせっかいが出てくるかもしれませんか。
辞める本当の理由は伝えないとしても、退職すること自体も夫には知れないほうがよいです。
いくら慎重になっても慎重すぎることはないです。

幸か不幸か、たとえ明日からトピ主さんが交通事故で長期入院になっても、会社は回って行きます。
そのまま会社に戻ってこなくても、やっぱり回って行きます。
「社会人の常識」なんていう呪いの言葉に縛られずに、何がいちばん重要かを考えてください。

トピ主さんがシェルターに行くまでの段取りを付けるために協力してくれた方々の厚意を無にしないでください。