自転車屋さんの商品管理・店舗管理の問題ですよね。
店に文句を言って良いです。

本文の書き方から、中学生に注意するかっこいい大人というよりは、口うるさいオバさんのようですけどね。
日中なら問題ないと思いますよ。
ご自分の生活に不満があるのを、子供に当たろうとしてるだけじゃないんですか？
だって、近所の自転車屋ってだけでしょ。
イライラの種探ししてるように見えます。

特に自転車のとめる場所の件。

これは明らかなる迷惑ですし、自分の所の客がしている事なのですから（店側が客用の駐輪スペースを設けていないことがそもそもの原因）、ハッキリ言うべきです。

そちらのお客さんの自転車が、通行の妨げになるのでどうにかしてほしい

と。
自転車屋さんは個人相手の商売なんですから、ご近所さんのこういうクレームにはきちんと対応すると思います。

その時に
「学生さんの声も結構気になるんですよねー」
と軽めに伝えておいてはどうでしょう。

学生だから、静かにさせるのは中々困難かもしれませんが、まあ気にかけておいてくれるだけでも、気分的に違いませんかね。

その自転車が置かれている場所が公道ならば、警察に連絡して（110番ではなく、苦情相談などの窓口です）、自転車の迷惑駐車があるので対策をお願いする、と伝えればいいです。その迷惑駐車の連絡の際、持ち主らしい高校生が大声などでうるさいということも伝えればよいでしょう。

そちらの客の自転車が邪魔
って電話したら？
あんまりうるさいようだったら警察に
近所で学生がたむろしていてうるさいと通報

まず苦情を言うのはね。
「文句」ではいですよ「苦情」ですよ。

＞たまに自転車やの外に出ているんですが

自動車の通る道沿いなんですよね。
アブナイじゃないですか。
自分の店に集ってくれている子供たちと自転車が大事なら
車道にはみ出ないように注意するべきは店主の役割です。

苦情というか・・・注意喚起ですかね。
一度自転車やさんも覗いてみてはいかがですか？
中・高生が集うくらいですから、なにかオモシロイものがあるか
店主にカリスマ性があるのか（どうだろうね）。

効果的に攻撃するには敵情を知れ（笑）といいますが、
覗きに行って「なぜここに若者が集まるのか」を知りつつも
「お店の外の自転車が自動車に引っ掛けられたらたいへんですし、子供たちに注意してあげてください」と
こんな所から入ってみてはいかがでしょう。

ベルの音や話し声は長時間続くのですか？
時間帯は？
毎日ですか？
「近く」とありますが、自宅内にまで響き渡るのですか？

質問多くて申し訳ないです。

自転車屋さんに直接注意して逆恨みされても怖いので、私なら匿名で交番か警察に電話します。
「毎日、中学生が騒いでいてうるさい。道路にもはみ出していて危ないですので、お願いします。」くらいですかね。
もしくは、直接中学校へ匿名で電話かな？
一体、その自転車屋に何しに来ているんでしょうね？
自転車屋さんだって、中学生が騒いでいたら近所から「信用できない自転車屋」ってことで、商売の不利になると思うんですが。
ちょっと変わった自転車屋さんなんでしょうか？

相談してみたらどうですか？

自転車で車が通れないけど…と相談してみては!?

赤ちゃん寝てるからごめん！ちょっとベル止めてね～

自転車で通れないぞ

笑顔で言えば案外おばさん軍団より素直に答えますよ？

自分たちの前を通る人に目を向けたり見たり…というのは仕方ないと思うので
勝手に『怖いです』なんて思ったら彼らのほうこそ迷惑で可哀想な気もしますが…

まぁ普段の行動や言動からなのか

『見てる』というより『ずっと睨んでる』といった感じだからなのか

とにかく『怖い』と感じてしまうわけですよね

近所に迷惑がかかるほど騒音を発していたり
自転車が通行の邪魔になるのなら

『自転車屋さんは悪くない』ということもないと思いますよ

自転車屋さんに来ている人が近所に迷惑をかけているのですから
自転車屋さんに苦情を言っても良いと思います

普通に騒音や通行の邪魔な件で迷惑していると伝えたら良いのではないでしょうか…？