お友達のお母さん経由でお友達に伝えてもらうのが、確実かと。それによって、お友達は、母付き添いで登校とか、一人で登校になると思います。少なくとも一週間前と、再度、前日にも伝えればより親切ではないでしょうか。
子供経由は、低学年では無理なことが多いです。お友達の顔をみたら、あっという間に忘れます。遊びや話したいことが盛りだくさんですから。前日夜、寝る前に「言ったよね？(トピ主)」「あ！忘れてた(子供)」となりませんように！

２年生２人だけで、いつも登校してるんですか？

なら分かった時点で、
お子さんは一緒に行っている２年生のお友だちに話し、
あなた（お母さん）は、相手のお母さんに
それぞれ話をしておくべきでしょう。

ひとりだったら、親も登校に一緒に付いて行った方が
いいかもしれませんしね。

遅くても２日前には、話を通しておくべきだと思います。

私なら、早めにわかってるなら早めに教えてもらいたいです。
主さん子供が休んで、
相手の子供が一人で行くにしても、他の友達を誘うにしても、休むとわかった時に連絡した方がモメない気がします。

登校状況によりますね。
トピ主さんのお子さんが休むことによって、
・相手が登校手段を変えなくてはいけない(親の付添が必要等)
　→分かった時点でできるだけ早く知らせる
・相手の登校手段に影響がない場合
　→2～3日前に子供自身からと親同士と両方から伝える。
　　まだ小二なので、連絡ミスを考えて一応大人同士で連絡を取る。
…かな。

登校はそのお友達と二人っきりですか？　であれば、私ならやはり予め相手の保護者の方に「いついつ休みます」とお知らせしておきます。ご家庭によっては、ひとりっきりが心配で保護者が付き添いたい、とお考えの方もあるようですし、早めに分かったほうがご都合がいいかも。