おそらく地理的な感覚が疎そうなので。
まず嵐山と清水、えらい離れたところをピックアップしましたね。
嵐山ー清水間、案外遠いです。

ご希望されてる南禅寺と清水はいわゆる「東山」という同じ地域なので、
清水で人力車に乗ることをおすすめします。

京都はめちゃくちゃ車の移動大変ですよ！
バスの往来が激しく、道が狭く、観光客の歩行者でいっぱいetc.なので
とにかく運転しづらいです。

あと駐車場料金が高く、小規模な駐車場ばかりなので
事前に駐車場の検索は入念に行っていった方がいいです。絶対！

とはいっても南禅寺から清水…5歳児が残暑に歩くとしたら
ちょっとしんどい距離かもしれませんね。

ベタに清水寺はお子さんには面白いんじゃないでしょうか。
景色もいいですし、何よりそこに辿り着くまでの
二寧坂（二年坂）・産寧坂（三年坂）の両脇のお店は
お祭りの露店のようで大人の私もワクワクします。

あとは京都市動物園。
縁切り・縁結びの安井金比羅宮もインパクトあって面白いかも。

ごはんは柚子屋旅館がおすすめです。

というか、ただでさえ蒸し暑い京都に行くなら、貴船の
川床で流し素麺の方が喜びそう…

その頃、京都に行って私は熱中症になりました。
わらび餅が美味しい店の、開店するのをベンチに座り、ちゃんと飲み物も取って待ってたのですが。
。わらび餅を食べてる時は、何ともなかったのが。
その後、具合が悪くなりホテルに帰って夜まで動けませんでした。
五歳のお子さんが大丈夫かな？と思います。
移動は車ですか？電車、バス、タクシーですか？
あまり予定を詰め込まずに時間に余裕を持って早めにホテルに戻って、お子さんを休ませた方が良いと思います。
南禅寺から、そう遠くない所に動物園がありますし、京都駅近くに水族館もあります。水族館なら暑さは気にしなくて大丈夫だし。
旅先で、お子さんが具合が悪くならないように気を付けて行動して下さい。
食事は予約していた方が暑い中、待たなくて良いと思います。

京都駅の近くに水族館があります。
お子さんならきっと喜ばれるし、何より涼しいです。
京都の暑さは半端じゃありませんから、熱中症対策は万全にしてくださいね。
阿闍梨餅は賞味期限が常温で１週間後です。
伊勢丹・高島屋・大丸で購入できます。

嵐山に
「嵐山モンキーパークいわたやま」
というところがあります。
サル山でサルと触れ合えるのも楽しいですし
敷地内にある公園に
ちょっとした迫力？の滑り台などありまして、
時間が足りなくなるかも…。

勧めたいですけど、今回の趣旨には難しいかしら。

まずとても暑いですよ。
南禅寺と清水は東山なので人力車で移動できるかもしれません。
嵐山は京都の西 になりますから全くあ場所が違いますので二日目に回られると良いとおもいます。子供さんがおられるなら嵐山でトロッコ列車に乗るのもいいかもしれないです。
食事と抹茶ですが東山界隈には花見小路通や祇園にいくらでもお店があるので事前に良さげな所を予約しておきましょう。抹茶の甘味処は予約できる店は少ないのである程度時間を見る方がいいでしょう。
あと阿闍梨餅は四条の高島屋や大丸にありますが売切れている事が多々ありますのでお店に直接買いに行く方が確実でしょう。ただ夏場は日持ちしませんよ。冬でも2日ほど。

両親と妹＋私（２人とも十代）「教育的見地」から、夏休みに京都への旅をさせてもらいました。
宿題をのためという名分があっても、辛い旅でした。

お子さんだけでなく、大人にとっても、季節的・時間的に強行軍と感じます。
屋内駐車場の停められるという保証はありませんので、自分の車での移動はかなりの覚悟が必要です。


スイーツ、食事に関しては、有名なお店がたくさんありますが、５歳のお子さんを連れてとなると、限られてしまうかもしれませんね。


お子さん中心でお考えになるならば「水族館」が、お勧めです。

8月の京都はかなり暑いと思われます。
お子さん連れでしたら、熱中症対策を万全になさって下さい。

京都通ではないので、阿闍梨餅についてだけ…
トピ主さまは、どちらにお住まいなのでしょうか。
一番わかりやすいのは京都駅ビルの伊勢丹でしょうか。
京都ですと、主要百貨店では必ず販売されています。
その他、大阪、東京、横浜、名古屋でも扱っている百貨店があるようです。

南禅寺へのルートや人力車についてはインターネットで調べられたら如何でしょうか？

　8月末でも京都の暑さはハンパじゃないでしょう。

お子さん連れなら嵐山のトロッコ列車，太秦映画村といったところでしょう。

電車好きのお子さんなら京福電鉄嵐山線（嵐電）や叡山電鉄きらら（だったかな？）に乗るのも

目先が変わって楽しいでしょう。

南禅寺→清水寺で人力車（親子で一台で大丈夫だと思います）→抹茶スィーツ→ディナーの流れかな。

抹茶が好きでは無いので、美味しい抹茶スィーツの店は分からないのですが
清水近辺なら沢山あるのでは無いでしょうか？

ディナーの店も、ある程度場所を絞り込んだ上で探した方が良いと思います

阿闍梨餅は消費期限が最長で5日くらいの筈なので
御土産にするなら最終日に購入か、自宅に帰ってから届くように配送して貰えば良いと思います


私は毎年8月後半に京都に墓参りに行くのですが
盆地特有の蒸し暑さは慣れていないとキツイですよ

湿度の高い熱気で予想以上の体力を消耗しますし
観光地周辺は道路も混みあいますから
5歳の御子さん連れであるなら、旅行プランは余裕を持ったスケジュールにした方が良いです
場所によっては車は何処かに駐車して公共の交通機関を使用して移動した方が早い事もあります。

熱中症、日射病対策も万全にしておきましょう

楽しい家族旅行になると良いですね♪

５歳男児だったら梅野小路蒸気機関車間をお勧めしたいところですが、
８月の京都はは暑いですからね～。
暑さ寒さも彼岸までと言われています。

私も水族館をお勧めします。
貴船神社も涼しいんですが、夏場は込みますし
駐車場が確保できません。

出町柳あたりの川辺でお水ぱちゃぱちゃすんのが
いいかも。
子供遊ばせてる間に、どちらかが
出町柳商店街、満月堂のあじゃりを買ってくる。
バラでも売ってくれますよ。
下賀茂神社の森で涼んだら、お参りしてかえりましょ。

むしろ琵琶湖でカヌーでもされたほうが
涼しいような気がしますが・・・
カヌーセンターがあり、予約されると
一式レンタルできます。

京都は秋にしてはどうですか？