直接会って、お礼を言っているのですから、わざわざメールまで必要ないと思います。
もしかしてトピ主さんに気があるのかもね。その女性。(お互い独身なら)

お礼メール、珍しくないと思いますが、職場によるでしょうね。
なかったからといって失礼になるのかはわかりません。
上司に飲みに連れて行ってもらった翌日など、すぐそばにいる上司宛にお礼メールしたりしていました。

トピ主さんは男性ですか？

私は女ですが、全然非常識じゃないですよ。
その湿ったらしい女が面倒な性格してるだけです。

お土産のお礼なんて、その場で充分。
むしろただの職場の男性からわざわざメールなんてもらいたくない（笑）
返信するのも面倒だし。
そんなに恩着せがましい事思ったりしません。

相手しなくていいですね。
「すみません～」で流しましょう、面倒くさい。

個人的に頂いた・・・って言うのがちょっと気になりますが。
結構高いものだったりしませんよね？

いただいた時にお礼を言っていたら、メールは要らないと思います。
しつこいです。
次の日にもお礼を言っているなら尚更です。

「○○さんはお礼メールも出さない非常識な人」とは直接言われたのでしょうか。
もし他人に言いふらすなら「○○さんは、貰った時にお礼を言い、翌日も言ったがメールは出さない非常識な人」ときちんと言って貰いたいです。

その日のうちに、直接会ってか電話かメールでお礼を言うべきです。

そんなの常識です。

　頂いた時にお礼を言ったのに、面倒な女性ですね。あなたが、お土産を頼んだ訳ではありませんよね？まあ、人それぞれ、自分が常識ですから…。
　
　あなたに好意を持っているから、これをきっかけに、メール交換をしたかったのに、自分の期待する展開にならなかった。だから機嫌が悪くなったのだと思います。
　
　私も、最近のこの傾向（会った時に、お礼やお疲れ様と挨拶は済んでいるのに、またその夜に必ずメールがくるような事）が、面倒で大嫌いです。

主さんは悪くないです。お土産をもらって、その時きちんとお礼を言っているのに、メールでお礼がないって・・・何様ですか（笑い）

私は職場の人とアドレス交換もしてないし、主さんの職場じゃなくて良かったわ。

不在時にお土産を置いてあったのではなく、直接受け取ってお礼を言い、翌日も直接お礼を言っている。
メールは必要ないです。私なら、お礼メールまで来たらしつこい！とまで思う。しかも職場ですよね。
その女性は、そこまでしてもらわないと気が済まない人なのでしょう。恐らく彼女自身もそうするだろうし。
でも、それは彼女の中の常識であって、世間一般の常識ではありません。
現代、常識と言えるとしたら、いただいたらきちんとお礼を言う。これだけでしょう。それ以上は各人の勝手。
あなたは二度もお礼を言っているのですから、十分例は尽くしてます。
あなたまでその女性のマイルールに巻き込まれることはないですよ。
まるで、数分以内にメール返信しないと仲間はずれにされる中高生みたい、と思ってしまった。
良識ある大人なんだから、自分の領域はきっちり守りましょう。

トピ主さんは男性だったんですね？！
であれば、ぶんぶんさんの言うとおり、気があるのかも知れませんね。

お土産も、普通のお土産以上に、気持ちの入った特別なお土産だったのかも知れませんね（笑）
であれば、メールのひとつも欲しいですね。

そういう事なのでは？

プライベートのメールは勤務時間中は禁止と就業規則で謳われており、ときどきメール監査に「お礼メール」が引っ掛かって、戒告処分を喰らう人がいますから注意しましょう。

お礼メールとは、ケータイメールのことですか？？

仕事場なので、業務の一部のような扱いでPCの会社のメールアドレスだと思ってました。
前職場はIT系だったからか、連絡事項は基本メールでしたので。
わざわざ個人ケータイにお礼メールなんて煩わしいですね。