足のサイズの詳細が分らないので何ともいえないのですが、
幅も狭く甲も薄いという自覚がおありなのであれば、
ワイズが3Eの靴なんて履いてたら、どんどん外反母趾が悪化して行くのではないでしょうか・・・?

私は右と左では、足長は約3mm程度の差があります（靴のサイズで言うと25.5か25cm）。
足囲では、右はワイズBが最適、左はAが最適のようです。
ですが既製品では左右違うワイズの靴を履きたければ二種類買わないとなりませんので、
今のところ、パンプスはワイズBの25cmを履いています（本当は25.5cmを履くべきなのですが、そうするとワイズはAでないと履けない。Aは市販品では殆ど入手困難なので、オーダーするしかない）
オーダーも近い将来すると思います。

私は高校生の頃から外反母趾の自覚がありましたが、
自分の足は幅広なのだと勘違いしてました。そのせいで、広い靴でないとダメだと思い込み、外反母趾が悪化してしまったと思ってます。
逆に今、正しいワイズの狭い靴に変えたら、外反母趾が痛くなる事がなくなりました。
主さんも今一度足囲を測りなおしてみてください

同じように、右足のほうが５mm大きくて甲が低いです。幅の広い靴の場合は短いほうのサイズにして、ベルト付きや紐靴で、甲を締められる靴にしています。つま先が靴にあたらないように、かかとを地面に打ち付けるように着地して歩きます。ふだんはウォーキングシューズばかりになりました。
皮製の靴の場合は、長いほうのサイズに合わせますが、幅はＥまで、やはり甲まであって、つま先が滑り込まない物だけ履いています。今ではパンプスは持っていません。

トピ主さんの３Ｅは幅が広すぎて、足先が靴に当たり、外反母趾になっているのではないでしょうか？足囲などを計測できるお店に一度行かれてみては？　計測までしなくても今は、デパートなどは知識のある店員さんが多くいるようで、３Ｅの靴が気に入って、「これ、幅はどうですか」とサイズを聞くと、お客様にはちょっと幅が広いなど教えてくれたりします。そういうところで話を聞くうちに、自分にはベルト付きか甲の深い靴でないと合わないんだなと分かってきました。
限られたデザインになってしまうのは残念ですが、快適さ優先なので。トピ主さんも、合うタイプを見つけられますように。

今のサイズになってから、ずっと右足の方が大きいと感じています。
靴を買うときは右足に合うものを選び、左足は中敷きを入れてもらいます。
全体ではなく、前の方だけ入れると具合がいいです。

小さいほうに合わせて買ってはだめです。
大きいほうに合わせて買います。
ただし必ず百貨店の靴売り場で買うこと。必ず試着して。中敷きを１枚追加してもらったり、革を少し伸ばしてもらったり、、、ぴったりとするまで色々店員さんにお願いをしています。
個人的には、卑弥呼の靴がすごくいいです。アフターケアも万全だし、卑弥呼の靴売り場のかたが、すごく良くしてくれます。合わなくなったらいつでも見せにきてくださいと言ってくださいます。しかも値段それほど高くないです。
果たして左右全く同じサイズの人ってどれほどいるのか？気づかずに無理して合わないサイズのを履いている人も多いんじゃないですかね。

５ミリ位の違いは市販のジェル中敷きでなんとかなります。
でも問題は５ミリの違いではないと思います。

＞甲が薄く幅もありません。
薄く細い足は、３Eではありません。
きっと、Eや２Eを履くと痛いのでしょうね。
でもそれは、足が細すぎて、本来指が入るべきでない所にまで足が滑り込んでしまうからと、
既に外反母趾と、恐らく「開帳足」という症状を起こしているためです。

AとかBという細くて薄い足の方がそうと気づかず
長年２Eだの３Eだのって幅広い靴を履いていると、
丁度トピ主さんのようなトラブルを起こします。

幸いネットが出来る方なので
幅狭甲低足、外反母趾、開張足といったキーワードで検索して
そういう足に対応した靴やオーダー中敷きを作ってるお店をあたるといいですよ。
まずは足の測定。
適当なシューフィッターも多いので、何か所か回って。
合う靴を買って、痛む所を調整してもらいます。
外反母趾はひどくなる前に整形外科にかかって。

それなりに手間暇も値段もかかりますが、
あと何十年かを自分の足で歩けるかどうかがかかっているので
是非医療器具を買うと思って、足に合う靴を手に入れてください。

昔、靴屋さんに行った時、フィッティングしてくださった方が足のサイズが違うからと言って、小さい方だけ中敷を2枚入れてくださいました。
まだ10代後半くらいだった時です。

それ以来、そういうサービスがないお店で買っても、必ず自分で中敷を入れています。

でも、ピンヒールだけは脱げてきちゃって無理なので、2足買ったことが一回だけあります。
結婚前だったから、おしゃれしたかったんです。(赤面

4～5mmくらい違います。
幅の割に全体的に厚みがあるので中敷きで調節するとそちらの足が苦しい、薄いDは入らず、厚みのあるDは見かけず、E～EEにすると幅が広くてブレる、という感じで靴選びにはいつも苦労しています。幅がなくて甲も薄ければ輸入品で合うものが見つかるかもしれないですね。

数年前に前後2サイズがそれぞれの足にぴったりな靴に出会って、バーゲン品だったこともあって思い切って両方買って片足ずつ履いてみたら快適でした。いつも我慢させていたほうの足に謝りたくなりました。
その後2足ほど2サイズずつ買いましたが、履かないほうを無駄にするのがなんだか靴に申し訳ないのと不経済なので、今度はオーダーにしようと思っています。既製品がよほど安くなっていない限りは、2足買うよりはオーダーの方が安いので。

一度だけシューフィッターのいる店に行ったことがあり、
靴は踵のサイズで選ぶのがいいと教わりました。
きちんと測ってもらうと、２２．５の幅Ｄが私のサイズでした。
つま先のほうが狭く感じるならば、お店で伸ばしてもらえばいいのだ、とも教わりました。
それよりも、踵が不安定なまま歩くことのほうが足の健康に良くないのだそうです。

トピ主様は外反母趾とのことですが、普段からずっと踵が緩んだ状態で、
靴の前方に足がずれて、足指の根本に力がかかり悪化しているのではないでしょうか。

そういう自覚がおありでしたら、一旦、おしゃれな靴はあきらめて、
ウォーキングシューズとか、ヒールが３cm前後の低いものを選んで、
踵が安定した状態で歩けるように靴選びをしたほうがいいように思います。
また個人的に感じるのは、ウォーキングシューズのように土踏まずの所が盛り上がっていると、前方にずれにくく、足の疲れも生じにくいです。

私は普段、ローファー型の４～５cmヒールで、中敷きで土踏まず部分を作るようにしていますが、結構ラクです。
幅はＥか２Ｅになってしまいますが、許容範囲です。

私はいつも、楽天の通販サイトで買ってます。

左右異なるサイズや、
片方だけ幅広or幅狭に対応してくれるので
重宝してます。
（手数料は、それぞれかかります）

靴にトラブルがあると、外に出かけるのも嫌になりますよね。
しんでれらさんが良い靴にめぐり会い、
楽しく外出できるよう、祈ってます。