同じシリコン型を２つ作り、一つはうまく硬化し、もう一つが硬化しないということでしょうか？
私も化学的なことはよくわかりませんが、経験上のこととしてお話しさせていただきます。
レジンを硬化させる際に、２液混合型の場合、一度硬化不良を起こしたシリコン型では上手く硬化しないということが私も起こりました。
なんか表面がべたつくんです。
硬化不良を起こしたレジンが少量でも接しているせいかな、とも思います。
ですので、硬化不良を起こした時に使用したシリコン型は残念ながら処分します。（一回くらい再挑戦して上手くいけば、また使います）
単純な形状であれば、再度シリコン型を取るのもさほど苦にはなりませんが、複雑な形状の場合は、原形をなくさないように気を付けなければなりませんね。
シリコンを硬化させる際の配合が問題になることもあるのかもしれませんが、シリコンを触って指紋等がつかないようであれば、やはりレジンのほうの問題と考えられるのではないでしょうか。

UVレジンだと、色のついたシリコン型を使うと固まりにくいですね。

ただ２液混合のレジンでそのような目に逢ったことがないので、なんとも。
混合比率が合ってなかったとか、ちゃんと撹拌されてなかったなかった、とか？