＞いろいろあり最近まで新婦との連絡を取っていなかったので

これが一番重要です。
なにがあったんですか？

招待する夫婦に対して、別々に発送するなんて私の感覚ではあり得ません。
余りにも失礼な行為です。

旦那さんは欠席でいいと思います。

招待状が別々と言うことは、席も別々なのでは？
それって、失礼すぎますよね。事前に打診があったならともかく。

そもそも、結婚式なのに、既婚の参列者が「別れて」座るって、縁起悪いでしょう。
トピ主さん夫妻も、他の知人から勘ぐられますよ。

ただ、トピ主さんだけ呼ばれないということはないと思います。
新郎が「新婦から招待する」と言っているのだから。

新婦がトピ主さんを呼びたくなさそうだと思うなら、トピ主さんは欠席すればいいです。
むしろ、欠席しやすくするための別招待かもしれませんしね。
（メインはご祝儀をそれぞれ回収するためかもしれませんが…）

私なら、「夫婦がそれぞれ分かれて出席するのは縁起が悪いので、申し訳ないから欠席します。」とか言っちゃうかも！

新婦に、「結婚することになったんだってね、おめでとう」と言えばいいのでは？まだ結婚の事を聞いてから直接お話していないのですよね？それで、相手から招待のことが出ないのであれば招待されないということですよ。この場合、ご主人も欠席でいいと思いますよ。

トピ主さんご夫婦の結婚式が縁結びとなったのでしょう？普通ならご夫婦一緒に招待状が来て主賓格でのご招待となるのではないですか？

でも、新婦と疎遠気味で話もする機会がないようであれば、少し待ってから欠席（ご主人が）と連絡していいんじゃないでしょうか。たとえ新郎新婦別々に来るとしても大体同時期に来るはずですから。

招待状って、普通同じ日とかに一斉に出しませんか？
何か事情があって出す日がずれたとかなのでしょうか？？
旦那さん宛に来た日から数週間経ってしまったなら来ないのかもしれませんが、「新婦から出します」と言われたのですよね？
出します、ってことは来るのかな、とも思いますが・・・。

ただ、夫婦に出すときって、連名にしますよね？
それが別々ってのもナゾ。

いくら別々の友人だったからといって、夫婦を別々に招待するって、まともな発想ではありません。別々に招待して、席も別々ということなのでしょうか。

そういった連中とつきあう必要はないと思いますよ。

>いろいろあり最近まで新婦との連絡を取っていなかった

これじゃないですか？
ご主人には是非来てほしいけど、奥さん（トピ主さん）とは「いろいろ」あったので、呼びたくない。
でも直球でそれを言うのは憚られるので、このように濁してうやむやにした…（相手ご主人の心：察してよ）。

なぁんてことは、無いですか？