日程の通知は３ヶ月前、出欠の連絡〆切は２ヶ月前。

いきなり「この日に研修やります。ご回答を！」と言われても、２～３ヶ月前ではまだ確定していないことも多く即答できないことが多いでしょう。
予告を入れて、各人予定を調整する時間を与えてから出欠の回答を集めるのが効率的です。

おかしな会社ですこと！

上司が直接指示を出せば済むことです。

こんなことで時間を潰すことこそ非能率的です。

絶対参加なら確認する必要もないですよね。
この日にやりますでいいですよね。
３か月前でいいですね。
いや、半年前でも１年前でも２年前でもいいですよ。
絶対参加なんですから。
で、当日来れなかったら別日にやるでいいですね。
その別日にも来れなかったら来年ですね。
しょうがないですよね。
そんな人もいますよね。
でもさ。
なんで上司は参加の確認をとれと命じるのかしら。
しょせん絶対参加なんですから。
予定日の連絡だけでいいはずなんですよね。
確認なんてする必要は無いんですけどね。
めんどくさい上司ですね。
きっと上司が参加したく無いんでしょうね。

２ヶ月前位に確認しろ言われているんですから２ヶ月前にしたらいいじゃないですか？何でそれを無視して２ヶ月半前に行うんですか？
指示されているのなら貴方の独断で指示を無視したということですよね？いい加減な仕事をしないでください。

そもそもトピ主さん、その社内教育の位置づけを理解できてないですよ。
絶対参加であっても絶対優先の教育ではないということです。それは参加確認の作業を行なっている時点でわかりませんか？

絶対優先の教育なら問答無用でこの日に教育の予定を入れろで良いのですから３ヶ月くらいの早い連絡でも構いません。
しかし、今回の教育は、出欠確認をするくらいですから、仕事の予定との兼ね合いを検討しなければならないのです。そのためにはある程度の仕事の予定が立ってからじゃないと出欠も回答しにくいですから、早すぎると困ります。

社内教育を運営するのが仕事の貴方の都合で決まるわけではありません。教育を受講する方々は各自の仕事の都合を付けて教育を受講するのです。

トピ主さんは自分の都合しか考えていません。他人の立場になって考えるようにしたほうがいいと思いますよ。

こういった事をいちいち真に受けていては、とても社内研修などできません。

半年前でも、１ケ月前でも、文句を言う人は必ず出て来るのです。

適当にあしらっておきましょう。

じゃあ、２か月前でいいじゃん。

悪しき前例とか、どう考えてもおかしい命令なら、
上司の指示とはいえ、無条件に従うのはどうかと思うけど、
今回は違いますよね。

2ヶ月前と指示があったんじゃないの？

小町で3ヶ月前がいいって言われたら、上司の指示より小町を意見を聞くのかな…

トピ文もちょっとわかりづらいんですが…

上司に明確に指示されているのになぜそれに従わないのでしょうか？上司が気が付いていないだけで２か月前ではだめな理由があるなら、その旨上司に説明してもっと早くするというのならわかるのですが。

＞期間中に参加できない場合は後日別日程を設けて参加せねばならず、開催側も受講側も面倒です。

例年そうならそれでいいでしょう。早く確認して最初の日程の欠席者が減ってもゼロにならない限り後日別日程で講習をしなければならないのは変わらないのですから。