フィリピン・セブ島在住の者です。マニラの空港（複数ターミナル、それぞれ相当距離あり、シャトルバス等なし）は、どのターミナルも土産物屋とカフェテリア程度があるだけで、長時間暇を潰せるような設備は皆無です。

外に出たければ出れますし、空港で円やドルから現地通貨へ両替もできますが、一旦入国する形になるので、出国手続の際に空港利用料が発生します。公共交通手段（空港バスや電車）もありませんので、移動はタクシーになりますが、メーター使用拒否やボッタクリのタクシーも多いので、割高でも空港のクーポンタクシー（行き先に応じて前払いしてクーポンを受け取る）を利用した方が安全だと思います。

マニラは同じフィリピン国内在住でもあまり行きたくありませんが、トピ主さんは途上国慣れされてますか？もし途上国は不慣れであれば、現地観光などは諦めて、空港第３ターミナル近くのリゾート・ワールド・マニラ（ショッピングモール・カジノ・ホテル等が併設された複合レジャー施設）へ行かれたらどうでしょうか？

フィリピンは観光ビザは要りません。
英語も通じます。
１ペソは3円位。高い店はカードが利くし、あまり多額に両替しない方がいいです。

観光で一般的なのはIntramuros(イントラムロス）という、スペインの統治時代の要塞跡で、見所も多いしレストランもあります。太平洋戦争で日本が司令部に使ったManila Hotelも歩いて行けます。
マルコスとイメルダのMalacanang宮殿はここからタクシーの距離です。

気をつけるべきは、スリやサギ、やたらとフレンドリーな人。買い物も高く吹っかけられるので、交渉はタフに。
タクシーも本当は空港からIntramurosまで１００ペソ位で行ける筈ですが、フリーの運転手は何かと理由を付けて300-500くらい吹っかけるのをけんか腰の交渉で２００位。必ず乗る前に値段交渉。市内からの帰りはメーター倒してくれます。ナイア（NAIA)と言えば国際空港です。
悪質な運転をするタクシーも空港には多いので、安全第一なら空港で割高な正規のタクシーを頼むといいです。
ハワイに比べれば、ボラれても大した事ないけど。

それから、四月のマニラは暑いです。帽子とペットボトル必携。

5:30PMのフライトなら4PM前にはCKinしていなければなりません。
ユナイテッドでしょうか、それともPAL？

日本人が観光するのならば、高いかね払って観光タクシーの利用がお勧めです。
RYOAKIタクシーをネットで調べて契約なさい。
支払いは現地通貨ですのでドルを用意すると良いです。タクシー会社には日本人女性の担当者もいます。
相談できると思います。ネットでアクセスしてみてください。

まあ、時間的にイントラムロスの城郭や協会、モールオブアジアのショッピング、グリーンベルトのモール見学くらいが良いのではないでしょうか。
日本飯屋のモドキが沢山あります。
猥雑さを除けばハワイに行く必要もないかも・・・笑

お気をつけて

ハワイ行きにソウル経由はよくありますが、マニラ経由を設定する旅行会社もあるんですね、確かに羽田発深夜のフィリピン航空でマニラ経由というのは理論的にはありうる。そういうことを説明しないで募集する旅行会社は問題ですが、パンフレットの隅に書いてあったのでしょう。それを見抜けなかったトピ主の自己責任ということになります。
それはそれとして、深夜発早朝着でマニラで何するかといっても空港内ですら店はほとんど空いてません。両替店も空いてるか疑問。空港からマニラ市内にはタクシーで行けますが、夜の賑やかなマニラの街も早朝は何もありません。朝遅くなればショッピングとか観光とか楽しんで、夕方、空港に帰ることは可能ですが、ご自身が単独行動に慣れていれば、そういうツアーを頼んでいたのか不思議です。荷物はハワイまで預けたまま空港から入国手続きは可能ですが、マニラからハワイへ出国する際に空港税を徴収される可能性が大なのでそういう場合でも対応できるのであればマニラ市内をお楽しみください。

プランにもよりますが、おそらく空港内のみの滞在だと思います。楽しい旅行になるといいですね

先日初めてのフィリピンに行ってきました。
帰りのマニラ空港では、早めにチェックインして出国審査も済ませました。
時間はお昼過ぎでお土産屋さんとかコーヒーショップは営業していましたが、カードが使えなかったので、ペソをほぼ使い切ってしまっていた私はコーヒーも飲めませんでした。
飛行機に乗ればどうせ機内食も出ますし困りませんでしたが、入国せずに空港内で過ごすのならお気をつけください。
キャッシュオンリーって書いてあったので、カードが使えないだけでドルとか使えるのかもしれませんが・・。

旅行業ではないですが、旅行アレンジを得意にしている人として忠告しないわけにはいかない気分です。

あまりにも無謀かつ危険です。

時差のことをよく考えてないので、羽田1時30分発でホノルル同日8時着ならいいのかと思うのでしょうが、これが大変な問題。

マニラまでの夜行便は6時間とかからないので、眠れても3時間、うつろな状態でマニラ到着。
早朝なので空港内のどの店も閉まっている。ベンチで居眠りして夕方まで待つのは置き引き、スリの格好の餌食です。
唯一おすすめできるのはトランジットホテルを使うこと。

さらにマニラからも夜行区間となり、ホノルルには眠れないで朝到着、ホテルには午後にならないとチェックインできないので、疲れ果ててしまう。

お盆なので空席がないというのは、ご希望の料金では空席がないというだけで、料金次第ではいくらでも席はあります。
あまり海外慣れてないようなので、ここは多少料金高くても直行便を探しましょう。

格安航空券変更不可のチケットでも3か月以上前なら手数料3万円以下でキャンセルできます。
せっかくのハワイ、疲れ果てるだけのプランはおすすめできません。

ターミナル内にフットマッサージや、日本のサウナにあるような仮眠チェアみたいな設備はあります。