子連れで安全パイと言えばTDR（特にランド）ですが、それ以外だったら東京ドームシティはどうでしょう？

うちの息子は4-6歳の頃戦隊モノに夢中だったので良くショーに連れて行きました。ショッピングモールのショーより本格的で楽しいです。
うちは戦隊ショーだけ目当てに行っていたのですが、ドームシティには小さい子供も遊べるアトラクションもそれなりあります。HPに行けば年齢と身長を入力すると何に乗れるか確認できます。
ただ、ここに連れて行くとしたらお母さんの観光は全く諦めてお子さんだけが楽しいという感じですが…。

あと戦隊ショーは俳優さん目当ての大人が来ていることがあります。もともと子ども向けのものなので本末転倒なのですが、「素顔の」と俳優さんが出ることを明記している回はそういう大人で混雑することが多いので避けた方がいいかもしれません。

それ以外だったら上野の国立科学博物館はどうですか？今はラスコー展をやっていますが常設展の恐竜など子どもが喜びました。親もそれなり楽しめます。時間が余れば上野の動物園もどうぞ。

「東京」っていうのが都心なのか23区内なのか市部も入るのか…が
わかりませんが、とりあえず後楽園（東京ドームシティ）おすすめ。
東京駅からも近いし、遊べるところいろいろあります。
４歳、６歳くらいなら雨の日でもオッケー。

ですので、
どこらへんに泊まるかや
どんなところに行きたいか、
また、平日なのか土日なのかも
重要です。

とりあえず、東京ドーム周辺と
お台場周辺が
子供向けの施設がたくさんありますよ！

お台場にあるデックス東京ビーチをおすすめします。
今の時期は寒いので、室内がいいですよね。

●レゴランド・ディスカバリー・センター東京
レゴで遊べます。日時指定のチケットを購入しておくと入場確実。

●東京ジョイポリス
室内アトラクション施設。
夜景、レインボーブリッジもキレイに見えます。

このビルの斜め向かいにフジテレビがあるので、そこで展望デッキ見学も。

子供たちはアンパンマン、レゴ、キティ、ガンダム、何か好きなものないの？
電車、飛行機、車などの乗り物が好きとか、
魚、鳥、昆虫など動物好きとか、
公園で走っているのが好きとか。
なにかない？

とりあえず、お台場がいいんじゃないでしょうか。
眺めもいいし、公園もあるし、店もいろいろあるし。

東京といってもひろうござんす。
遊べるところもたんとござるよ。

どこに泊まるとか。一日目はどこに行くとか。どこ着どこ発とか。お好みとか。

なんでもいいからもう少ししぼってくんないと、アドバイスのしようもござらんよ。

トピ主さん。東京は人口総数が、約１３５０万人です。

鉄道駅の数は　６３２駅です。 とてつもなく広いのです。

東京の、どこに2泊3日なのですか。

これを示してないので、レスでアドバイスできない人が多いはずです。

これが「びっくり」の数字に現れています。

＞4歳と6歳の男の子を連れて遊べるところってありますか？
この年令の子供は、どこでも遊べる。

ディズニーランドなども良いと思いますが、私がひとりで4歳と６歳の男の子を連れて歩くならと考えてみました。自分の物も少し見たいし・・・。

新宿伊勢丹は子供服売り場に子供が遊べるスペースがあり、日本一の売り上げを誇るデパートなので地方のデパートとは別格で店内を回るだけでも感激すると思います。

住みたい街NO.1の吉祥寺にあるコピス（元は伊勢丹でした）は各フロアに子供用の服や小物も多く、子供が遊べるコーナーがあります。同じく吉祥寺のパルコも子供向けの物が多く、駅から歩いて1km以内にある井の頭動物園は猿山や子供が触れるモルモットなど未就学児向けの動物園です。隣接する井の頭公園（駅の南口）もカフェなどがあり子供と散歩をするのにはお勧めです。

アミュージメント施設よりも、子供がいる世代をダーゲットとしたビルにいる方が、食事なども便利だと思います。

因みに吉祥寺コピスは子供向けの美容院もあります。ズッソといって椅子の前にアニメのビデオが流れるので子供は動かないで前を見ています。レストランも子供向けですので、子連れ以外はいませんから安心できますよ。ネットで調べてみてください。

4歳と6歳の男女の母です
もうホテルはおきまりですか？
ド定番はディズニーランドでしょうがお一人で連れて歩くなら東京ドームホテルに泊まって東京ドームシティがおすすめです！
男の子なら土日祝日はヒーローショーやっていますし、ヒーローが部屋に来てくれる宿泊プランもありますよ！
雨ならアソボーノもありますし楽しめるとおもいます

私もお台場か東京ドームシティー周辺をおすすめします。
浅草＆東京スカイツリーはとんでもない混雑になるので年末年始はおすすめしません。

２８日までにお出かけなら、ドームシティーの近くに文京シビックセンターがあり、そこの展望台（無料）からの都心の景色が素晴らしいので併せてどうぞ。
晴れていれば日没時に富士山も見えます。この時期なら昼間でも富士山見える日も。

お台場は既出の東京デックス、メガウェブ（車好きにおすすめ）、ヴィーナスフォートなどにお子さんが遊べる施設ありますし、ダイバーシティには等身大ガンダムが建ってます（来春に撤去するそうです）。
フジテレビのハチタマ（球体展望台）からは海からの東京が綺麗に見え、レインボーブリッジはもちろんゲートブリッジも見えます。日没時には、こちらからも富士山が見えます。
観覧車に乗っても良いです。
そしてお台場は夜のクリスマスイルミネーションが綺麗です。
１２月の土曜日なら１９時から１０分間、海の小島から花火を打ち上げます。
１０分間だけですが、見事な花火が見られます（混んでないし）。

夜までいらっしゃるならお台場押しです。