同じ仕事ぶりでも、大人しいだけならともかく、不機嫌に仕事するひとなら評価ひくいでしょう。
病気と出産関係は大きなマイナス評価ではないし。
有給休暇を全部使うってまわり全員とってますか？

ま、ボーナスを出すことじたいが義務じゃないですからね

対象となる「半年」を対象として、
業務成果を上げた方が人事考課が良いのです。

休職や産休・育休は与えられた権利ですので、全く気になりません。
有休をとることも気になりませんし、権利だとは思いませんが、有休の日程にもよりますね。
仕事の繁忙期や連休などといつも連結して取られると、「仕事が滞ってますよ」とか「あなただけが休みたいわけじゃないんですけど」と思います。
まあ、いずれにしても休みより仕事の成果です。
欠勤や産休育休がなくても、仕事ができない人や空気が読めない人は嫌ですし評価も下がります。
個人的には同期の基本給や評価は気になりませんが、上司などで仕事が中途半端な人間は気になります。

考課の一般論なんて聞いても意味がありません。会社の就業規則でも見てくださいな。

トピ主さんの「後者の方が認められるべき」とする理由がよくわかりません。
心情的に、後者の方に少しは良く見てもいいんじゃないかと考える人もいるだろうことは理解できますが、「べき」とするほど強い理由が、ここにある情報では見受けられませんでした。
正当な理由があって、会社も認めた休業・休暇は、考課の対象とならないほうが普通ではないでしょうか？

トピ主さんの例で考えると、前者の方と後者の方が、同じ職位・職級で業務上のパフォーマンスも同じなら、人事考課は同じ評価になります。
もし結果的に前者の方のほうが評価が高いなら、業務上のパフォーマンスは前者の方のほうが高いのでしょう。

私はもう評価をする側に回ってしまったので、トピ主さんのような立場の方の気持ちに鈍感なのかもしれませんが、評価をする側としては、差のある評価にしているときには明らかにそこに意味を持たせています。
評価をする人がどういう人材を評価しているのかが、評価の差には現れているはずです。

仕事の内容
上司からの評価
過去の実績
すべてが同じ人なんていないので、休んだかどうかだけで評価する訳がありません。

＞ヘルニアで１年半休職
＞産休・育休を取った、
＞与えられた有休をしっかり消化

いずれも就労者の権利行使なので業務成績とは無関係
よって、業務での成績が同じなら評価は同じでしょうね。

直属上司が概ね評価していると思いますが、仕事の評価がすっぽり抜けていますよ。

同じ部署なら、です。
同じ部署に私と同じ学歴の人がおらず、同性でもスタートラインが違っていたので比べようがなかったのです。

それはさておき、トピ本題。
所属している部署、その部署の成績、その人の能力によると思います。ゆえに、前者が評価が高くてもありえます。

休日数では無く、いくら会社を儲けさせたかで決まります。