休んで迷惑かけた方が先に言うべきでしょう。
後輩と言えどもあなたから毎回言う必要ないと思います。　相手も面倒くさいと思ってるんだろうから。

すごくめったにない病欠で、体調を心配していれば開口一番、体調を気遣う言葉が出ると思います。
ものすごく忙しくとても休むなんて、という時期にどうにもしかたなく休んだ場合はなによりも先に「ご迷惑おかけしました」となりますね。

この記述だとさほど心配のない程度のことでさくさくお休みされている、けど正直それほど職場的にも困ってないような。

そういうなかで形式的なやりとりならどっちが先でもいい気がします。

トピ主さんの気持ち、とてもよく分かります。
わたしの同僚も、突然休んだ翌日、無言で仕事につきます。
1時間しても会話なし。しびれを切らして、こちらからフォローした結果の報告など、引き継ぎをします。
突然の休暇は仕方ないけれど、一言ほしいですよね。

なめられているのかという質問、疑問なんですね。

あまりなめられているのかということにこだわらずに
「体調」は聞かなければいいと思いますよ。

上司、先輩に「ご迷惑かけました」と言っているのかも
知らないんですよね。
たぶん、言っているという前提でのお怒りでしょうが。

体調次第、その人次第のところがあるのでしょうが
そういうのに触れられたくないということもあるのではないでしょうか。

とぴ主さんは、仕事に穴あけてという割り切れない気持ちがわいてくるのでしょうが、上司が認めていれば仕方ないでしょう。

別の職場に転職する方がいいのでは？

謝ることやお礼を言うことを「損」とカウントする人って、一定数いますよね。
そういう人は自分からは謝らないでしょう。
相手から何かを言ってきた場合のみ謝る。
「無料のものにわざわざお金を払わない」と同じ感覚だと思います。
要求されていないペイはしない。100円のチョコに120円は払わない。

謝罪や礼って、本来は
「実損を発生させずにコトを治めるための知恵」という側面があると思うのですが、
謝罪や礼を実損とカウントすると、先輩さんのような振る舞いに落ち着く。
面白いもんですね。

まあ、そういう人を見て「クレバーな生き方だな」とは思わないので、
せいぜい裏で苦笑いするだけに留めますけど。

私がもし経営側だったら、休む人が休むたびに、ご迷惑を…の挨拶は不要だと考えます。
迷惑はお互いさま、体調は言いたくないこともあるでしょう。

出勤時に「おはようございます」で仕事がスタートします。
それでいいと思うのですけど。

＞社会人として突発的な休み明けは必ず「ご迷惑を～」と教わりました。

誰に教わったのですか。私はそういうふうに教わった記憶もないし、そういう物言いをしたこともありません。それで定年まで、激務高給の仕事をこなしてきました。
突発の休みはもちろん何回どころか何十回もありましたよ。でも、休むときに、その処理（仕事と人員の割り振り）をする担当には迷惑を掛けるので詫びとお礼を言います。しかし、割り振られた個々の人には何も言いません。誰に割り振られたかも知らされていません。
割り振られて、残業したとかであれば、割増しの残業手当で、既に会社からお礼（の意味）が出ていますし、時間内に終わったのであれば、月給の一部として当然の仕事ですからね（笑）。そして、私も、そういう突然の割り振る変更を受けることがままありました。お相子ですよ（笑）。淡々と仕事しましょうよ、恩着せがましくしないで！！

だから、最初から大丈夫なのです。

その程度のあいさつの後先で悩むの？

普通に
おはようございます
だけでいいじゃん