日頃あなたさまを虐めてる上司なら、それ程落ち込まないかもしれませんが、好きな上司なら落ち込みますよね．

あなたさまが好きということは、その上司もあなたさまのことを多かれ気にかけてくれてるのだと、私の仕事経験からは想像できます．
私もあなたさまと同じような体験がありますが、言葉の額面上は理不尽に思えてもその背景にある真意は何なのかを探ると何かを発見すると思います．

あなたさまの場合だと、部下ではあれ「技術的にはもう独り立ちしてくれ」という意味があるのかぁとも取れます．それは現場の方でないとわかりにくく違ってたらすみません．

雇われるって大変！働くって大変！ですよね。あなたのミスではないけれど。ドンマイドンマイ！気を取り直して、また、頑張りましょう。

気にしない。だって確認しないで間違えちゃう方が困るでしょ？間違えちゃったらそれはそれで怒られるわけだし、それなら今は間違えてないんだから何も悪くないでしょ？ただ単にその上司の虫の居所が悪かっただけだから、｢すみませーん｣って聞き流しておけばいいんですよ。

不明点があったり、あいまいなまま進めてるよりは、確認したほうがいいと思いますよ。
相手がすごい剣幕で怒ってきたとしても、「時々ややこしいルールがあるときがあるので」とか「値引きしていない人がいたので」と言えばいいだけではないでしょうか。

確認したほうがいいことを、相手が怒るかどうかで、確認するかどうかを決めるのは、本末転倒です。また、怒られたとしても、自分に言い分があれば、それを言えばいいだけです。

人が怒りたいときに怒ってるだけのことに、いちいち振り回される必要はありません。

　具体的にどう聞いたのかの問題のように思えます。

　トピ主さんは、

　　他のバイトがルールに反した売り方をしているが、自分が知らない内にルールが変わったのか

という聞き方をしましたか。もしも、そういう聞き方をしたのに上司が怒ったなら、それは上司が理不尽と思います。

　しかし、単にその製品の値引きの仕方を聞いたのなら、なんでそんな明らかなことを聞いてくるのと上司に思われることもあるでしょう。

　ちょっとした聞き方の違いで、全く異なった反応が返ってくることは結構あります。毎回最善の聞き方をできる人間はまれでしょうから、最初から完璧を目指すより、予期しない反応が返ってきたときに、自分の聞き方に改善点はあったかと考える方がいいでしょう。

　私もそうやって学び．．．今も学び続けてます（笑）。

電気技術者さんもレスしていらっしゃいますが、トピ主さんが値引きの仕方を聞いたとしたら、上司は怒ってしまうかもしれません。（怒ること自体が、まあ理不尽ではありますが。）

トピ主が判らなかったこと(＝上司に確認したかったこと)は
1．自分は値引き商品はいつでも値引きして売っていた。
2．他の人は値引きをしたりしなかったりしているようだ。
3．自分の認識は間違っていたのだろうか？
ということでしょう。そこがちゃんと上司に伝わるように話しましたか？もし、前振りのつもりとしても、初めに値引きの仕方について話し始めたとしたら、それはまったく論理的ではありません。時間の無駄であり、無意味なコミュニケーションになります。

何が判らなくて何は判っているのか、知りたいことは何なのか、自分の中できちんと区別して、それから話すようにしましょう。

その上で理不尽に怒られたなら気にしないことです。そんなことはこれからの人生ごまんとあるはずです。気にしていたら体がもちません。