ざっと引っかかりそうなところはこんな感じでしょうか。

社会保険関係　→　健康保険法、厚生年金法
消費税免税関係　→　税法
偽装請負　→　労働者派遣法

複数の役所や法律が絡んできますし、働き方の実態で判断されるため素人が個別に対応するのは難しいでしょう。労働問題に強い弁護士に相談されるのがいいと思います。

免税事業者の条件は「(課税)売上高が」1000万以下の業者です。
色々勘違いをされていますね。

その法律自体は
創立から半年で売り上げ1,000万未満か人件費1,000万未満か、です
給与などは計上したうえで未払いにしておくのもOK(半年後に貰う)
国税庁のHPにも載っていますが
(https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shohi/6531.htm)
でも消費税免税や創立など用語で検索すれば、わかりやすく説明しているページが沢山あります
これを調べたうえで即雇用してもらえるよう交渉するのもアリだと思います
雇用ならば社会保険の負担額が違ってきますもんね


でも雇用かどうか、という相談だけなら労基でもいいのでは？
雇用という実態があるのなら相談する意味もあると思いますし、今現時点でもどこかで質問しないと目的の相手がわからないのだから、たらい回しにされるのと変わらないのでは？
要は自身の労力をネットにするか電話にするか、の違いだと思うのですが・・・
時間がかかるけど労基やハロワで直接質問する方が有効だと思いますけどね

消費税の問題から解決すると
設立初年度の特例について奥さんはおっしゃていると思います。
元々は資本金が１千万円以下なら設立後２期は消費税の納税が不要というのが基本です。
ですが、設立後「半年」以内の売上が１千万円を超える場合には１期目から消費税の納税義務ができました。
が、設立したばかりの会社の場合必ずしも売上の集計が半年でできない場合もあるため
売上に替えて人件費でも良いという規定になっています。
ここから、設立後「半年」の人件費が１千万円になるのを回避することを考えます。
つまり、１年で２千万円です。
設立初年度でそこまで人件費を出すのは人材派遣くらいしか見たことないです。
この半年は設立日と決算日によって多少ずれますので、勤務先がどうなるかはわかりません。

個人に支払うものが外注費になるか人件費になるかは支払う基準と指揮命令系統次第です。
例えばホームページを作ったら２０万円払う。納品は２カ月後。
とかなら２カ月の内、いつどこで作業するかは自由です。
顧客の依頼したレベルの物ができれば仕事時間が１時間でも２０万円もらえます。
これが外注費。
時給〇円、８時間働け。は給料（人件費です）。
労働基準局とかに正社員雇用だと思っていたのに外注扱いにされ社会保険にもいれてもらえない。
と相談してみてはどうでしょう。
ただ、正社員扱いになってもこんなことで外注扱いにする人ですから居づらくなること請け合いですが。

従業員を個人事業主として契約するのは、
労働保険（労災・失業保険）をかけたくない。
厚生年金をかけたくない。
健康保険をかけたくない。
交通費を払いたくない。
このような労働者の権利である福利厚生を削りたいのです。
個人事業主として契約すると一人親方扱いです。業務に使用する必要なものは本来鉛筆1本まで自腹となります。
そして委託費に消費税を上乗せしないといけません。

消費税免除と言うくだりは委託費に付随した消費税を払いたくないから全く別の話を持ち出して煙にまいているものです。
免税業者であっても支払い消費税が免税になることはありません。

業務委託ですから時給制にすることは出来ないはずです。
決められた仕事をこなさないといくら時間がかかってもやり遂げないといけないので、残業代も発生しません。つまりサービス残業です。
逆に委託内容をこなせば早く帰れますが、それも許さないでしょう。

偽装請負としっかり認識しているのなら、業務記録をしっかり記録しておいて労働局に相談したらどうでしょう？

各都道府県労働局が偽装請負の相談窓口になっています。

>6名の従業員の給与を1000万以内に収めるというのはどう考えても無理な話です

会社を設立して1期目の最初の「6ケ月間」に、
売上と給与支払の両方が1000万を超えてしまうと
2期目のスタート時から消費税の課税業者とみなされる

ですから、勘違いされていませんか？

消費税免税については、素人から見ても言ってることがメチャクチャだなと思います。
トピ主さんも「よし、個人事業主として自分の才覚で世の中を渡ってやるぞ」という気概を持って個人事業主になったわけではなく、なんか社長にそう言われたからなぁなぁで個人事業主になりましたという状況は、あまりよくないと思います。
いきさつはどうあれ、個人事業主を名乗るということは、税務署に開業届を出して起業したと世間では思われるわけですから、消費税のくだりでは、その場で「言ってることがメチャクチャですけど」と言い返せるぐらいの大まかな知識ぐらいは持っていた方がいいと思います。

それで、なぜそこまでしてその社長についていこうとしているのかは、少々分かりかねます。
消費税云々のくだりは、いくら何でも法人なりする人がそんなメチャクチャな勘違いをしているはずはないと思うので、口から出まかせのウソをついてトピ主さんをごまかそうとしているわけですよね。もしくは、トピ主さんの知識がなさ過ぎて、聞いたことを覚え間違いしている可能性もありますが。
そのようなあからさまなウソをつくような人間の下で働いて、本当にいいことがあるのでしょうか。こういう嘘つきは、都合が悪いと、やれ損害賠償だ契約違反だと、また訳の分からない出まかせで脅しをかけてくる可能性があります。申し訳ないですが、「従業員として働きたい」と考えていて、ある程度、危機察知能力のある人は、「個人事業主になって時給で働いてくれ」と言われた時点で、大半はヤバい、ここ何か変だと感じて逃げると思います。

相談するというのは、従業員にしてもらうための相談でしょうか？それとも偽装請負と思われる今までの過去を償わせるためのものでしょうか？役所でたらいまわしにされてもいいほどの執念がないなら、そっと逃げるのが一番いいと思いますが。