これって普通ですか？って言うのなら・・・
退職する相手に「「（退職されるので）まだLINEしても良いのかよく分からないですが、、」って聞く方がどうかと思うよ。
「今までありがとうございました」で妹さんが連絡やめたら終わる話じゃないですか？
退職されるんだからな・・と思って相談は終了。
連絡事項などは他の方とやり取り始めればいいだけです。
「退職後はどの方と連絡取り合ったらいいですか？」って妹さんが聞いて他の人と今度からやりとりすればいいのに・・
なのにその方に「ラインしてもいいの？」なんて聞く。
そう言われたら相手は「いいですよ～」って社交辞令でも言うしかなくない？
「今後も相談くらいなら乗りますよ～」って親切な人なら言うでしょ。
ってか、逆に「そうですね。もうやめますんで連絡もなしで」なんて言えないよね・・(笑）

あなたの妹さんが「これからも連絡したいんですが・・しても良いですか？」的な感じの事を言うから「いいですよ～」って返しただけでしょ。

妹さんが「退職されるしな」と思って「今までありがとうございました」で終わりにしたらよかったんじゃない。
そして他の係りの人に「これからは誰に連絡したらいいんでしょうか？」って聞くしかない。